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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u7y | ||||||
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タイトル | Structural Basis of Human NOX5 Activation | ||||||
要素 | NADPH oxidase 5NADPHオキシダーゼ | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / enzyme (酵素) / oxidase (酸化酵素) / activation mechanism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of fusion of sperm to egg plasma membrane / superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / cytoskeleton-dependent cytokinesis / NADPH oxidase complex / proton channel activity / superoxide anion generation / endothelial cell proliferation / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...regulation of fusion of sperm to egg plasma membrane / superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / cytoskeleton-dependent cytokinesis / NADPH oxidase complex / proton channel activity / superoxide anion generation / endothelial cell proliferation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / proton transmembrane transport / positive regulation of cytokine production / defense response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / 血管新生 / apoptotic process / calcium ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å | ||||||
データ登録者 | Cui, C. / Jiang, M. / Sun, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Basis of Human NOX5 Activation 著者: Cui, C. / Jiang, M. / Sun, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u7y.cif.gz | 220.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u7y.ent.gz | 167.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u7y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 82118.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOX5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q96PH1, 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 |
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-非ポリマー , 6種, 13分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-HEB / #7: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NADPH oxidase 5NADPHオキシダーゼ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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