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- PDB-8su0: Unliganded F96H epi-Isozizaene Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8su0
タイトルUnliganded F96H epi-Isozizaene Synthase
要素Epi-isozizaene synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / Terpene (テルペン) / Terpenoid (テルペノイド) / Isoprenoid (テルペノイド) / Terpene cyclase / Terpene synthase
機能・相同性epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / metal ion binding / Epi-isozizaene synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Eaton, S.A. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Reprogramming the Cyclization Cascade of epi -Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products.
著者: Eaton, S.A. / Christianson, D.W.
履歴
登録2023年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epi-isozizaene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8032
ポリマ－43,7071
非ポリマー961
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.465, 76.156, 107.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Epi-isozizaene synthase / / EIZS / Sesquiterpene cyclase / Sesquiterpene synthase


分子量: 43706.984 Da / 分子数: 1 / 変異: F96H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris (pH 6.8), 200 mM (NH4)2SO4, 31% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→99 Å / Num. obs: 27010 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 25.67 Å2 / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.314 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1857 / CC1/2: 0.551

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→62.17 Å / SU ML: 0.1796 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.3303 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 1318 4.89 %
Rwork0.1835 25623 -
obs0.1849 26941 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→62.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 0 5 161 2576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95113404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5949845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.070.23571420.21312782X-RAY DIFFRACTION99.42
2.07-2.160.24791400.19342772X-RAY DIFFRACTION99.15
2.16-2.280.20851300.17512820X-RAY DIFFRACTION99.76
2.28-2.420.19791440.16922826X-RAY DIFFRACTION99.83
2.42-2.610.21881520.17012826X-RAY DIFFRACTION99.97
2.61-2.870.21641390.1792847X-RAY DIFFRACTION99.93
2.87-3.280.20711730.17912825X-RAY DIFFRACTION99.8
3.28-4.140.19791460.16922898X-RAY DIFFRACTION99.97
4.14-62.170.21631520.20613027X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.923581320598-0.226174215895-0.2685365540151.044994535380.2685313611930.1528704551990.015070292890.2613571427360.0638251618851-0.237453696372-0.044867471208-0.302322292248-0.04185978349320.1795809045750.02571950091590.216113057212-0.01877330033830.03529725366910.274179250793-0.01090257791360.274581941829-2.0824842025610.0111435335-6.98569453758
20.831721546163-0.630328878125-0.3705546872291.679279229110.3683872950540.7766347416490.03829319042060.353540730506-0.278490948143-0.265631920642-0.04812311781970.0575205057676-0.1282822196050.2240840057580.01259123851310.1924258528030.0105983883171-0.004570957487740.253955299323-0.03644802394720.205685593378-1.316593271322.71889914217-2.71571058396
31.823115105541.141233043071.082939230811.599349792231.221010626681.81772969049-0.106640343590.1025011979250.152438960356-0.2105453347750.0118519374778-0.0136465202192-0.0823342671188-0.004695258898250.03461570098010.1964231976440.01272446256460.006497916844640.2062613295480.02294011774960.197753863987-6.38835880811-5.881227579-7.09670017675
40.7801501416890.2162955341980.1863007293231.78909548180.3636073166560.923099804306-0.006147235971770.0528771700632-0.06895668565690.1048921190290.01357212986710.003662774099830.1423986073750.007830575643240.003717700149390.1832164817150.0006578964699720.01148245738030.169221176640.0122609679030.183832591835-10.952643601-12.5398482634-0.925355348413
51.13512275906-0.132694978070.3666657789560.8708153095740.1896174273361.105675822430.0671598106714-0.0210863139366-0.1371606276920.04936948917660.0830988514312-0.004863513573840.01432926782460.00155654624486-0.09468557392450.165528669546-0.007897799487910.001915820879630.1709424865240.01860058545810.164111036147-18.06822625711.247516975381.91323874374
61.018536792630.3236964609770.2044114497571.185121836530.0484228279322.47998851958-0.06532420165420.213079370186-0.00856479184762-0.1360577561260.0955605855663-0.05993367276980.224359662462-0.1464786152190.002565323396830.216414016938-0.006298350514220.009166036218920.2166339315850.009175207195630.207328358897-18.8217498858.05759895114-6.65321717286
71.15949425941-0.06999013016870.9022191345141.982112350470.7289621136121.91209130521-0.09540328412660.02942140027710.147588936452-0.397205438146-0.2256834332610.239495803107-0.331066292436-0.3381019692010.2732937735680.1895651828240.02410808503220.02587492874990.2441732081820.004842282214920.230418466687-23.501042046811.8666860421-6.56544470608
81.0222418353-0.1403949567770.4390749021081.15084142346-0.5508622838332.67019955912-0.06296739864610.037559417492-0.00494657856030.00460436117277-0.0462588549154-0.07199223043750.02958402161850.1967891807750.1103227786560.1799139968430.003515419186220.01079897981780.177401837426-0.01387970787150.198931987724-8.7353340625512.97189644364.8811434282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 81 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 107 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 180 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 181 through 222 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 223 through 250 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 251 through 301 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 302 through 335 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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