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万見
- PDB-8sc6: Human OCT1 bound to thiamine in inward-open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sc6
タイトルHuman OCT1 bound to thiamine in inward-open conformation
要素Solute carrier family 22 member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / membrane protein (膜タンパク質) / MFS / drug transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine transmembrane transporter activity / secondary active organic cation transmembrane transporter activity / putrescine transmembrane transporter activity / (R)-carnitine transmembrane transporter activity / acyl carnitine transmembrane transport / pyrimidine nucleoside transmembrane transporter activity / acetylcholine transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity ...acetylcholine transmembrane transporter activity / secondary active organic cation transmembrane transporter activity / putrescine transmembrane transporter activity / (R)-carnitine transmembrane transporter activity / acyl carnitine transmembrane transport / pyrimidine nucleoside transmembrane transporter activity / acetylcholine transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transport / epinephrine transport / thiamine transmembrane transport / purine-containing compound transmembrane transport / spermidine transport / thiamine transport / thiamine transmembrane transporter activity / organic cation transport / Organic cation transport / organic cation transmembrane transporter activity / putrescine transport / dopamine uptake / metanephric proximal tubule development / : / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / prostaglandin transport / norepinephrine transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / toxin transmembrane transporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin uptake / Abacavir transmembrane transport / dopamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / organic anion transmembrane transporter activity / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / xenobiotic transport across blood-brain barrier / Neurotransmitter clearance / Ciprofloxacin ADME / xenobiotic transport / 神経伝達物質輸送体 / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / presynapse / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Organic cation transport protein/SVOP / Sugar transport proteins signature 1. / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VIB / Solute carrier family 22 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Zeng, Y.C. / Sobti, M. / Stewart, A.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2016308 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of promiscuous substrate transport by Organic Cation Transporter 1.
著者: Yi C Zeng / Meghna Sobti / Ada Quinn / Nicola J Smith / Simon H J Brown / Jamie I Vandenberg / Renae M Ryan / Megan L O'Mara / Alastair G Stewart /
要旨: Organic Cation Transporter 1 (OCT1) plays a crucial role in hepatic metabolism by mediating the uptake of a range of metabolites and drugs. Genetic variations can alter the efficacy and safety of ...Organic Cation Transporter 1 (OCT1) plays a crucial role in hepatic metabolism by mediating the uptake of a range of metabolites and drugs. Genetic variations can alter the efficacy and safety of compounds transported by OCT1, such as those used for cardiovascular, oncological, and psychological indications. Despite its importance in drug pharmacokinetics, the substrate selectivity and underlying structural mechanisms of OCT1 remain poorly understood. Here, we present cryo-EM structures of full-length human OCT1 in the inward-open conformation, both ligand-free and drug-bound, indicating the basis for its broad substrate recognition. Comparison of our structures with those of outward-open OCTs provides molecular insight into the alternating access mechanism of OCTs. We observe that hydrophobic gates stabilize the inward-facing conformation, whereas charge neutralization in the binding pocket facilitates the release of cationic substrates. These findings provide a framework for understanding the structural basis of the promiscuity of drug binding and substrate translocation in OCT1.
履歴
登録2023年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 22 member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4662
ポリマ－61,2011
非ポリマー2651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 22 member 1 / Organic cation transporter 1 / hOCT1


分子量: 61200.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC22A1, OCT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15245
#2: 化合物 ChemComp-VIB / 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / THIAMIN / VITAMIN B1 / 3-(2-メチル-4-アミノピリミジン-5-イルメチル)-4-メチル-5-(2-ヒドロキシエチル)チアゾ-ル-3-イウム / チアミン


分子量: 265.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human OCT1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 88 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1105286 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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