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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rhj | ||||||
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タイトル | Yeast 20S proteasome in complex with a macrocyclic oxindole epoxyketone (compound 5) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Proteasome (プロテアソーム) / Epoxomicin / TMC-95A / Carfilzomib (カルフィルゾミブ) / Macrocycle (大員環化合物) / Binding Analysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Goetz, M.G. / Godwin, K. / Price, R. / Dorn, R. / Merrill-Steskal, G. / Hansen, H. / Klemmer, W. / Produturi, G. / Rocha, M. / Palmer, M. ...Goetz, M.G. / Godwin, K. / Price, R. / Dorn, R. / Merrill-Steskal, G. / Hansen, H. / Klemmer, W. / Produturi, G. / Rocha, M. / Palmer, M. / Molacek, L. / Strater, Z. / Groll, M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024 タイトル: Macrocyclic Oxindole Peptide Epoxyketones-A Comparative Study of Macrocyclic Inhibitors of the 20S Proteasome. 著者: Gotz, M.G. / Godwin, K. / Price, R. / Dorn, R. / Merrill-Steskal, G. / Klemmer, W. / Hansen, H. / Produturi, G. / Rocha, M. / Palmer, M. / Molacek, L. / Strater, Z. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rhj.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rhj.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8rhj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/8rhj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/8rhj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8rhkC 8rhlC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
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-要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639 #2: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638 #3: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303 #4: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379 #5: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302 #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243 |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb
#8: タンパク質 | 分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451 #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141 #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724 #13: タンパク質 | 分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657 #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 FTgeifhj
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 724.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242 |
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-非ポリマー , 3種, 171分子
#16: 化合物 | ChemComp-MG / #17: 化合物 | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月5日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→30 Å / Num. obs: 194819 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 18384 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 39.938 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.227 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.05→30 Å
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拘束条件 |
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