[日本語] English
万見
- PDB-8hsp: E. coli 70S ribosome complexed with tRNA_Ile2 bearing L34 and t6A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hsp
タイトルE. coli 70S ribosome complexed with tRNA_Ile2 bearing L34 and t6A37 in classical state
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • A-site tRNA_Ile2
  • P-site tRNA_Glu
  • mRNA伝令RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / tRNA modification / decoding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / リボソーム生合成 / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Akiyama, N. / Ishiguro, K. / Yokoyama, T. / Shirouzu, M. / Suzuki, T.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26113003, 26220205 and 18H05272 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER2002 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101082 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101115 日本
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the decoding capability of isoleucine tRNAs with lysidine and agmatidine.
著者: Naho Akiyama / Kensuke Ishiguro / Takeshi Yokoyama / Kenjyo Miyauchi / Asuteka Nagao / Mikako Shirouzu / Tsutomu Suzuki /
要旨: The anticodon modifications of transfer RNAs (tRNAs) finetune the codon recognition on the ribosome for accurate translation. Bacteria and archaea utilize the modified cytidines, lysidine (L) and ...The anticodon modifications of transfer RNAs (tRNAs) finetune the codon recognition on the ribosome for accurate translation. Bacteria and archaea utilize the modified cytidines, lysidine (L) and agmatidine (agmC), respectively, in the anticodon of tRNA to decipher AUA codon. L and agmC contain long side chains with polar termini, but their functions remain elusive. Here we report the cryogenic electron microscopy structures of tRNAs recognizing the AUA codon on the ribosome. Both modifications interact with the third adenine of the codon via a unique C-A geometry. The side chains extend toward 3' direction of the mRNA, and the polar termini form hydrogen bonds with 2'-OH of the residue 3'-adjacent to the AUA codon. Biochemical analyses demonstrated that AUA decoding is facilitated by the additional interaction between the polar termini of the modified cytidines and 2'-OH of the fourth mRNA residue. We also visualized cyclic N-threonylcarbamoyladenosine (ctA), another tRNA modification, and revealed a molecular basis how ctA contributes to efficient decoding.
履歴
登録2022年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
U: 30S ribosomal protein S21
a: 23S rRNA
b: 5S rRNA
c: 50S ribosomal protein L2
d: 50S ribosomal protein L3
e: 50S ribosomal protein L4
f: 50S ribosomal protein L5
g: 50S ribosomal protein L6
h: 50S ribosomal protein L9
i: 50S ribosomal protein L13
j: 50S ribosomal protein L14
k: 50S ribosomal protein L15
l: 50S ribosomal protein L16
m: 50S ribosomal protein L17
n: 50S ribosomal protein L18
o: 50S ribosomal protein L19
p: 50S ribosomal protein L20
q: 50S ribosomal protein L21
r: 50S ribosomal protein L22
s: 50S ribosomal protein L23
t: 50S ribosomal protein L24
u: 50S ribosomal protein L25
v: 50S ribosomal protein L27
w: 50S ribosomal protein L28
x: 50S ribosomal protein L29
y: 50S ribosomal protein L30
z: 50S ribosomal protein L32
0: 50S ribosomal protein L33
1: 50S ribosomal protein L34
2: 50S ribosomal protein L35
3: 50S ribosomal protein L36
4: 50S ribosomal protein L31
V: P-site tRNA_Glu
W: mRNA
X: A-site tRNA_Ile2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,213,124371
ポリマ－2,205,42955
非ポリマー7,695316
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 AabVWX

#1: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 499873.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1758835854
#22: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941811.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
#23: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1370526514
#53: RNA鎖 P-site tRNA_Glu


分子量: 24465.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
#54: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 15576.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcript by T7 polymerase / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#55: RNA鎖 A-site tRNA_Ile2


分子量: 24868.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7V0 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7V3 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7V8 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7W1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform / リボソーム


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P02358 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P02359 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7W7 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7X3 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / / Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription termination/antitermination protein NusE


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7R5 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7R9 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7S3 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7S9 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0AG59 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0ADZ4 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7T3 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0AG63 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7T7 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7U3 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7U7 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P68679 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 cdefghijklmnopqrstuvwxyz01234

#24: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P60422 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60422
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P60438 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60438
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P60723 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60723
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P62399 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P62399
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0AG55 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG55
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7R1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0AA10 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AA10
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0ADY3 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY3
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P02413 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02413
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15329.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0ADY7 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY7
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0AG44 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG44
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0C018 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0C018
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7K6 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7L3 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0AG48 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG48
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P61175 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0ADZ0 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P60624 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60624
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P68919 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68919
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7L8 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L8
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7M2 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M2
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7M6 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M6
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0AG51 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG51
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7N4 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N4
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / / Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7N9 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N9
#49: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7P5 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P5
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7Q1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7Q6 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt Accession P0A7M9 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M9

-
非ポリマー , 2種, 316分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1The complex of E. coli 70S ribosome with mRNA and A-, P- site tRNACOMPLEXE. coli 70S ribosome was incubated with mRNA, E. coli tRNA_Glu, and E. coli tRNA_Ile2#1-#550MULTIPLE SOURCES
2E. coli 70S ribosomeCOMPLEXE. coli 70S ribosome#1-#521NATURAL
3A-, P- site tRNACOMPLEXA-, P- site tRNA#53, #551NATURAL
4mRNA伝令RNACOMPLEXmRNA#541SYNTHETIC
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Escherichia coli (大腸菌)562MRE600
33Escherichia coli BW25113 (大腸菌)679895
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES, 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidC8H18N2O4S1
210 mMMagnesium acetateMg(C2H3O2)21
330 mMAmmonium chlorideNH4Cl1
46 mM2-mercaptoethanol2-メルカプトエタノールC2H6OS1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 100nM ribosomes were incubated with 500nM tRNAs and mRNA
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6914

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4RELION3.1.3CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
8Coot0.9.4.1モデルフィッティング
10RELION3.1.3初期オイラー角割当
11RELION3.1.3最終オイラー角割当
12RELION3.1.3分類
13RELION3.1.3３次元再構成
20PHENIX1.19.2モデル精密化
21Coot0.9.4.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 851030
3次元再構成解像度: 2.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 201764 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 7K00

7k00


Accession code: 7K00 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 17.52 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0042153874
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6566230288
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03929378
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005512241
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.111860525

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る