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万見
- PDB-8e2f: Cryo-EM structure of N-terminal arm of BIRC6 (from local refinement 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e2f
タイトルCryo-EM structure of N-terminal arm of BIRC6 (from local refinement 2)
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Ubiquitin (ユビキチン) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / Apoptosis (アポトーシス) / Autophagy (オートファジー) / IAP
機能・相同性
機能・相同性情報


spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / Flemming body / 微小管形成中心 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / Flemming body / 微小管形成中心 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ゴルジ体 / 紡錘体 / ubiquitin-protein transferase activity / regulation of cell population proliferation / midbody / cell population proliferation / protein ubiquitination / エンドソーム / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein phosphorylation / 中心体 / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Hunkeler, M. / Fischer, E.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01CA066996 米国
The Mark Foundation19-001-ELA 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structures of BIRC6-client complexes provide a mechanism of SMAC-mediated release of caspases.
著者: Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Eric S Fischer /
要旨: Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis ...Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) are the principal actors that restrain caspase activity and are therefore attractive therapeutic targets. IAPs, in turn, are regulated by mitochondria-derived proapoptotic factors such as SMAC and HTRA2. Through a series of cryo-electron microscopy structures of full-length human baculoviral IAP repeat-containing protein 6 (BIRC6) bound to SMAC, caspases, and HTRA2, we provide a molecular understanding for BIRC6-mediated caspase inhibition and its release by SMAC. The architecture of BIRC6, together with near-irreversible binding of SMAC, elucidates how the IAP inhibitor SMAC can effectively control a processive ubiquitin ligase to respond to apoptotic stimuli.
履歴
登録2022年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,1581
ポリマ－534,1581
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat-containing ubiquitin-conjugating enzyme / BRUCE / RING-type E3 ubiquitin transferase ...BIR repeat-containing ubiquitin-conjugating enzyme / BRUCE / RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC6 / Ubiquitin-conjugating BIR domain enzyme apollon / APOLLON


分子量: 534158.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC6, KIAA1289 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NR09, 合成酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.067 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Expi293
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
33 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: added CHAPSO to 0.8 mM
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (9 holes per stage position, 3 movies per hole)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.4 sec. / 電子線照射量: 52.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19647
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM3.8.0画像取得
4CTFFINDCTF補正
5RELIONCTF補正
8Cootモデルフィッティング
10Cootモデル精密化
11PHENIXモデル精密化
12ISOLDEモデル精密化
13UCSF ChimeraXモデル精密化
14UCSF Chimeraモデル精密化
15cryoSPARC初期オイラー角割当
16cryoSPARC最終オイラー角割当
17cryoSPARC分類
18cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4058599
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 472306 / クラス平均像の数: 6 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036214
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5728425
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.741810
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381009
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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