[日本語] English
万見
- PDB-8dlf: EBNA1 DNA binding domain (DBD) (458-617)+2 repeats of family repe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dlf
タイトルEBNA1 DNA binding domain (DBD) (458-617)+2 repeats of family repeat (FR) region
要素
  • (2XFR DNA (56-MER)) x 2
  • Epstein-Barr nuclear antigen 1Epstein–Barr virus nuclear antigen 1
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA (ウイルス性) / EBNA1 / OriP / EBV / family repeats (FR) / VIRAL PROTEIN-DNA complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / ウイルス潜伏 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / : / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity ...host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / ウイルス潜伏 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / : / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Epstein-Barr nuclear antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Mei, Y. / Lieberman, P.M. / Murakami, K.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)RO1 CA093606 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)RO1 CA259171 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1-GM123233 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 2131806 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA0101815 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM Structure and Functional Studies of EBNA1 Binding to the Family of Repeats and Dyad Symmetry Elements of Epstein-Barr Virus .
著者: Yang Mei / Troy E Messick / Jayaraju Dheekollu / Hee Jong Kim / Sudheer Molugu / Leonardo Josué Castro Muñoz / Vera Moiskeenkova-Bell / Kenji Murakami / Paul M Lieberman /
要旨: Epstein-Barr nuclear antigen 1 (EBNA1) is a multifunctional viral-encoded DNA-binding protein essential for Epstein-Barr virus (EBV) DNA replication and episome maintenance. EBNA1 binds to two ...Epstein-Barr nuclear antigen 1 (EBNA1) is a multifunctional viral-encoded DNA-binding protein essential for Epstein-Barr virus (EBV) DNA replication and episome maintenance. EBNA1 binds to two functionally distinct elements at the viral origin of plasmid replication (), termed the dyad symmetry (DS) element, required for replication initiation and the family of repeats (FR) required for episome maintenance. Here, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the EBNA1 DNA binding domain (DBD) from amino acids (aa) 459 to 614 and its interaction with two tandem sites at the DS and FR. We found that EBNA1 induces a strong DNA bending angle in the DS, while the FR is more linear. The N-terminal arm of the DBD (aa 444 to 468) makes extensive contact with DNA as it wraps around the minor groove, with some conformational variation among EBNA1 monomers. Mutation of variable-contact residues K460 and K461 had only minor effects on DNA binding but had abrogated -dependent DNA replication. We also observed that the AT-rich intervening DNA between EBNA1 binding sites in the FR can be occupied by the EBNA1 AT hook, N-terminal domain (NTD) aa 1 to 90 to form a Zn-dependent stable complex with EBNA1 DBD on a 2×FR DNA template. We propose a model showing EBNA1 DBD and NTD cobinding at the FR and suggest that this may contribute to the oligomerization of viral episomes important for maintenance during latent infection. EBV latent infection is causally linked to diverse cancers and autoimmune disorders. EBNA1 is the viral-encoded DNA binding protein required for episomal maintenance during latent infection and is consistently expressed in all EBV tumors. The interaction of EBNA1 with different genetic elements confers different viral functions, such as replication initiation at DS and chromosome tethering at FR. Here, we used cryo-EM to determine the structure of the EBNA1 DNA-binding domain (DBD) bound to two tandem sites at the DS and at the FR. We also show that the NTD of EBNA1 can interact with the AT-rich DNA sequence between tandem EBNA1 DBD binding sites in the FR. These results provide new information on the mechanism of EBNA1 DNA binding at DS and FR and suggest a higher-order oligomeric structure of EBNA1 bound to FR. Our findings have implications for targeting EBNA1 in EBV-associated disease.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Epstein-Barr nuclear antigen 1
B: Epstein-Barr nuclear antigen 1
C: Epstein-Barr nuclear antigen 1
D: Epstein-Barr nuclear antigen 1
E: 2XFR DNA (56-MER)
F: 2XFR DNA (56-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7636
ポリマ－104,7636
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, 0.125% glutaraldehyde was used in ultracentrifuge to facilitate the assembly, Ultracentrifuge: 40000rpm, 16hrs
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質
Epstein-Barr nuclear antigen 1 / Epstein–Barr virus nuclear antigen 1 / EBNA-1 / EBV nuclear antigen 1


分子量: 17564.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / プラスミド: pET-mod / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03211
#2: DNA鎖 2XFR DNA (56-MER)


分子量: 17241.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: chemical production metagenome (メタゲノム)
#3: DNA鎖 2XFR DNA (56-MER)


分子量: 17264.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: chemical production metagenome (メタゲノム)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: EBNA1 DBD+2XFR complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2100 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
32 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 22 % / 凍結前の試料温度: 293 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 10000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5300

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4444: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1242375 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045015
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6816807
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d25.8632975
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.3361177
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る