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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dix | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of NavAb L98R as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia L823R mutation | |||||||||||||||
要素 | Ion transport proteinIon transporter | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Voltage-gated sodium channel Ion transport protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / monoatomic cation channel activity / Ion transport domain / Ion transport protein / identical protein binding / 細胞膜 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2023 タイトル: Structural basis for severe pain caused by mutations in the voltage sensors of sodium channel NaV1.7. 著者: Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Powell, N.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dix.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dix.ent.gz | 46.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/8dix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/8dix | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29833.328 Da / 分子数: 1 / 変異: L98R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PX4 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 1.8-1.9 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月7日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 11997 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 43.93 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.379 / Num. unique obs: 542 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.516 / % possible all: 92.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RVY 解像度: 3.3→44.57 Å / SU ML: 0.4233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.2886 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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