PDB-8cq6: Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cq6

タイトル

Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from Duganella sacchari

要素

chorismate mutase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION /

chorismate mutase / cyclohexadienyl dehydratase / chorismate mutase/cyclohexadienyl dehydratase / cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase / bifunctional chorismate mutase / bifunctional cyclohexadienyl dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

chorismate metabolic process /

chorismate mutase /

chorismate mutase activity /

hydro-lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Duganella sacchari (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Novel exported fusion enzymes with chorismate mutase and cyclohexadienyl dehydratase activity: Shikimate pathway enzymes teamed up in no man's land.
著者: Stocker, C. / Khatanbaatar, T. / Bressan, L. / Wurth-Roderer, K. / Cordara, G. / Krengel, U. / Kast, P.

履歴

登録	2023年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cq6.cif.gz	318 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cq6.ent.gz	249.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cq3C 8cq4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: chorismate mutase

B: chorismate mutase

C: chorismate mutase

D: chorismate mutase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.108, 111.930, 221.386
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	SER	SER	A	A	20 - 401	20 - 401
2	1	1	GLY	GLY	SER	SER	B	B	20 - 401	20 - 401
3	2	2	ARG	ARG	SER	SER	A	A	21 - 401	21 - 401
4	2	2	ARG	ARG	SER	SER	C	C	21 - 401	21 - 401
5	3	3	ARG	ARG	SER	SER	A	A	21 - 401	21 - 401
6	3	3	ARG	ARG	SER	SER	D	D	21 - 401	21 - 401
7	4	4	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	21 - 405	21 - 405
8	4	4	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	21 - 405	21 - 405
9	5	5	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	21 - 405	21 - 405
10	5	5	ARG	ARG	VAL	VAL	D	D	21 - 405	21 - 405
11	6	6	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	21 - 409	21 - 409
12	6	6	ARG	ARG	LEU	LEU	D	D	21 - 409	21 - 409

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	chorismate mutase / 分子量: 46078.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Duganella sacchari (バクテリア) / 遺伝子: SAMN05192549_107367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA29 / 参照: UniProt: A0A1M7QNQ8, chorismate mutase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.2 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 3 M NaCl 0.1 M Bis-TRIS, pH 5.5 5.6 mg/mL protein in 20 mM TRIS-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→99.9 Å / Num. obs: 51859 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.44→2.66 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2594 / CC_1/2: 0.124

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→99.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 13.262 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 3.908 / ESU R Free: 0.388

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	2573	4.962 %
R_work	0.2248	49285	-
all	0.227	-	-
obs	-	51858	60.296 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.266 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.089 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.355 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→99.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12009	0	10	71	12090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	12410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	12003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.908	1.645	16908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.311	1.568	27477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.019	5	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.795	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.632	10	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.241	10	588
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	10637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	5987
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	7434
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.125	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.189	5.716	6235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.189	5.716	6235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.169	10.275	7799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.169	10.274	7800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.48	6.141	6175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.48	6.141	6176
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.923	11.116	9109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.923	11.116	9110
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.538	53.96	13453
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.537	53.96	13454
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.061	0.05	12149
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.091	0.05	11649
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.086	0.05	11758
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.094	0.05	11865
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.081	0.05	12007
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.077	0.05	12448

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06079	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06079	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09057	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09057	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08554	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08554	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0939	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0939	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08143	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08143	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07676	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07676	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.44-2.502	0.289	7	0.377	256	X-RAY DIFFRACTION	4.1812
2.502-2.571	0.479	32	0.368	774	X-RAY DIFFRACTION	13.2023
2.571-2.645	0.423	73	0.354	1230	X-RAY DIFFRACTION	21.8002
2.645-2.726	0.416	92	0.349	1765	X-RAY DIFFRACTION	32.1003
2.726-2.816	0.357	104	0.325	2052	X-RAY DIFFRACTION	38.5069
2.816-2.915	0.34	133	0.298	2367	X-RAY DIFFRACTION	45.8379
2.915-3.024	0.319	125	0.286	2695	X-RAY DIFFRACTION	53.5104
3.024-3.148	0.315	154	0.281	2854	X-RAY DIFFRACTION	59.5054
3.148-3.288	0.307	179	0.266	3067	X-RAY DIFFRACTION	66.5983
3.288-3.448	0.257	150	0.253	3371	X-RAY DIFFRACTION	75.9163
3.448-3.634	0.284	208	0.242	3696	X-RAY DIFFRACTION	87.7501
3.634-3.854	0.279	215	0.244	3982	X-RAY DIFFRACTION	99.8335
3.854-4.12	0.244	199	0.209	3748	X-RAY DIFFRACTION	99.8735
4.12-4.45	0.219	165	0.183	3524	X-RAY DIFFRACTION	99.8646
4.45-4.873	0.21	163	0.171	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
4.873-5.447	0.26	163	0.189	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.871
5.447-6.286	0.247	143	0.218	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
6.286-7.692	0.242	125	0.191	2241	X-RAY DIFFRACTION	99.9577
7.692-10.846	0.192	79	0.191	1781	X-RAY DIFFRACTION	99.8926
10.846-99.9	0.375	64	0.292	1039	X-RAY DIFFRACTION	99.0126

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)