+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cbe | |||||||||
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Title | SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-2 and Beta-49 Fabs | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / BA.4 mAb / BA.5 mAb / RBD / BA.4/5-1 / BA.4/5-2 / BA.4/5-5 / Beta-49 / VIRAL PROTEIN/Immune system | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.16 Å | |||||||||
Authors | Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: Emerging variants develop total escape from potent monoclonal antibodies induced by BA.4/5 infection. Authors: Liu, C. / Das, R. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Supasa, P. / Selvaraj, M. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ritter, T.G. / Temperton, N. / Klenerman, P. / Dunachie, S.J. / ...Authors: Liu, C. / Das, R. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Supasa, P. / Selvaraj, M. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ritter, T.G. / Temperton, N. / Klenerman, P. / Dunachie, S.J. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cbe.cif.gz | 510.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cbe.ent.gz | 353.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cbe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/8cbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/8cbe | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8cbdC 8cbfC 8cmaC 8qzrC 7q0gS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 4 types, 4 molecules HLBA
#1: Antibody | Mass: 24359.309 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23387.990 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Antibody | Mass: 23566.121 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#5: Antibody | Mass: 23431.438 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules E
#3: Protein | Mass: 22935.734 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
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#6: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0 and 18% (w/v) PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.95373 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95373 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.16→60 Å / Num. obs: 24651 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 101.13 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.345 / Rpim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.16→3.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1210 / CC1/2: 0.322 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7Q0G Resolution: 3.16→56.92 Å / SU ML: 0.4584 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.8599 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 102.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.16→56.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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