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Yorodumi- PDB-8bnx: Crystal structure of Pif1 from Deferribacter desulfuricans in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bnx | ||||||
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Title | Crystal structure of Pif1 from Deferribacter desulfuricans in complex with AMPPNP | ||||||
Components | AAA family ATPase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Helicase Thermophile | ||||||
Function / homology | DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AAA family ATPase Function and homology information | ||||||
Biological species | Deferribacter desulfuricans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.12 Å | ||||||
Authors | Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Microorganisms / Year: 2023 Title: Structural Studies of Pif1 Helicases from Thermophilic Bacteria. Authors: Rety, S. / Zhang, Y. / Fu, W. / Wang, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bnx.cif.gz | 423.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bnx.ent.gz | 292.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bnx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bnx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8bnsC 8bnvC 5ftdS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 58766.215 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deferribacter desulfuricans (bacteria) / Strain: DSM 14783 / JCM 11476 / NBRC 101012 / SSM1 / Gene: DEFDS_0256 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: D3PAZ1 #2: Chemical | ChemComp-ANP / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: Tris-HCl 100mM PEG 8K 12% Isopropanol 5% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97853 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.544→104.256 Å / Num. obs: 24905 / % possible obs: 93.9 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 97.02 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.544→2.855 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.103 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1245 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 1.195 / % possible all: 62.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FTD Resolution: 3.12→71.9 Å / SU ML: 0.3656 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 27.9247 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 116.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.12→71.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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