+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bj1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Medicago truncatula histidinol-phosphate aminotransferase (HISN6) in the open state | ||||||
要素 | histidinol-phosphate aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HISN6 / histidinol-phosphate aminotransferase / aminotransferase (アミノ基転移酵素) / plant (植物) / open | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidinol-phosphate transaminase / histidinol-phosphate transaminase activity / L-histidine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Rutkiewicz, M. / Ruszkowski, M. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2023 タイトル: Insights into the substrate specificity, structure, and dynamics of plant histidinol-phosphate aminotransferase (HISN6). 著者: Rutkiewicz, M. / Nogues, I. / Witek, W. / Angelaccio, S. / Contestabile, R. / Ruszkowski, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bj1.cif.gz | 351.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8bj1.ent.gz | 283.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bj1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40710.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A072U7F9 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium sulfate; 0.1 M MES pH 6.5; 30 % w/v PEG 5000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.57→36.97 Å / Num. obs: 116740 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.879 % / Biso Wilson estimate: 20.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.116 / Net I/σ(I): 18.02 / Num. measured all: 452887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3euc 解像度: 1.57→36.97 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.38 Å2 / Biso mean: 28.2775 Å2 / Biso min: 12.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→36.97 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
|