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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z8k | ||||||||||||
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タイトル | Cytoplasmic dynein (A1) bound to BICDR1 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Dynein (ダイニン) / dynactin (ダイナクチン) / cargo transport (貨物輸送) / activating adaptor / cytoskeleton (細胞骨格) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Golgi to secretory granule transport / transport along microtubule / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / vesicle transport along microtubule / P-body assembly ...Golgi to secretory granule transport / transport along microtubule / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / vesicle transport along microtubule / P-body assembly / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / centrosome localization / microtubule motor activity / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / dynactin binding / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytoplasmic microtubule / COPI-mediated anterograde transport / cytoplasmic microtubule organization / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / axon cytoplasm / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / cellular response to nerve growth factor stimulus / filopodium / RHO GTPases Activate Formins / 動原体 / microtubule cytoskeleton organization / small GTPase binding / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / neuron projection development / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / late endosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / 細胞皮質 / vesicle / 微小管 / 細胞分裂 / 中心体 / Neutrophil degranulation / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.37 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chaaban, S. / Carter, A.P. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structure of dynein-dynactin on microtubules shows tandem adaptor binding. 著者: Sami Chaaban / Andrew P Carter / 要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between them affect their combined motile behaviour. Different coiled-coil adaptors are linked to different cargos, and some share motifs known to contact sites on dynein and dynactin. There is limited structural information on how the resulting complex interacts with microtubules and how adaptors are recruited. Here we develop a cryo-electron microscopy processing pipeline to solve the high-resolution structure of dynein-dynactin and the adaptor BICDR1 bound to microtubules. This reveals the asymmetric interactions between neighbouring dynein motor domains and how they relate to motile behaviour. We found that two adaptors occupy the complex. Both adaptors make similar interactions with the dyneins but diverge in their contacts with each other and dynactin. Our structure has implications for the stability and stoichiometry of motor recruitment by cargos. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z8k.cif.gz | 588 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z8k.ent.gz | 330.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z8k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/7z8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/7z8k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 14555MC 7z8fC 7z8gC 7z8hC 7z8iC 7z8jC 7z8lC 7z8mC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 533083.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: DYNC1H1, DHC1, DNCH1, DNCL, DNECL, DYHC, KIAA0325 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q14204 #2: タンパク質 | | 分子量: 54173.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNC1LI2, DNCLI2, LIC2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O43237 #3: タンパク質 | | 分子量: 63120.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNC1I2, DNCI2, DNCIC2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13409 #4: タンパク質 | 分子量: 65377.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bicdl1, Bicdr1, Ccdc64 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0JNT9 #5: タンパク質 | | 分子量: 42670.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F2Z5G5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K / 詳細: 20 second incubation |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 14 / 実像数: 88715 詳細: Images were collected in movie-mode and fractionated into 53 movie frames |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39644 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |