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万見
- PDB-7yar: ZIKV_Fab_G9E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yar
タイトルZIKV_Fab_G9E
要素
  • E protein
  • M protein
  • heavy chain
  • light chain
キーワードVIRUS (ウイルス) / virus complexed with antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Shu, B. / Thiam-Seng, N. / Lok, S.
資金援助 シンガポール, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2017NRF-CRP001-027 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Structure and neutralization mechanism of a human antibody targeting a complex Epitope on Zika virus.
著者: Cameron Adams / Derek L Carbaugh / Bo Shu / Thiam-Seng Ng / Izabella N Castillo / Ryan Bhowmik / Bruno Segovia-Chumbez / Ana C Puhl / Stephen Graham / Sean A Diehl / Helen M Lazear / Shee-Mei ...著者: Cameron Adams / Derek L Carbaugh / Bo Shu / Thiam-Seng Ng / Izabella N Castillo / Ryan Bhowmik / Bruno Segovia-Chumbez / Ana C Puhl / Stephen Graham / Sean A Diehl / Helen M Lazear / Shee-Mei Lok / Aravinda M de Silva / Lakshmanane Premkumar /
要旨: We currently have an incomplete understanding of why only a fraction of human antibodies that bind to flaviviruses block infection of cells. Here we define the footprint of a strongly neutralizing ...We currently have an incomplete understanding of why only a fraction of human antibodies that bind to flaviviruses block infection of cells. Here we define the footprint of a strongly neutralizing human monoclonal antibody (mAb G9E) with Zika virus (ZIKV) by both X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. Flavivirus envelope (E) glycoproteins are present as homodimers on the virion surface, and G9E bound to a quaternary structure epitope spanning both E protomers forming a homodimer. As G9E mainly neutralized ZIKV by blocking a step after viral attachment to cells, we tested if the neutralization mechanism of G9E was dependent on the mAb cross-linking E molecules and blocking low-pH triggered conformational changes required for viral membrane fusion. We introduced targeted mutations to the G9E paratope to create recombinant antibodies that bound to the ZIKV envelope without cross-linking E protomers. The G9E paratope mutants that bound to a restricted epitope on one protomer poorly neutralized ZIKV compared to the wild-type mAb, demonstrating that the neutralization mechanism depended on the ability of G9E to cross-link E proteins. In cell-free low pH triggered viral fusion assay, both wild-type G9E, and epitope restricted paratope mutant G9E bound to ZIKV but only the wild-type G9E blocked fusion. We propose that, beyond antibody binding strength, the ability of human antibodies to cross-link E-proteins is a critical determinant of flavivirus neutralization potency.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月2日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: heavy chain
H: light chain
G: heavy chain
M: light chain
A: E protein
C: E protein
D: M protein
F: M protein
K: heavy chain
L: light chain
B: E protein
E: M protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,32812
ポリマ－330,32812
非ポリマー00
水0
1
I: heavy chain
H: light chain
G: heavy chain
M: light chain
A: E protein
C: E protein
D: M protein
F: M protein
K: heavy chain
L: light chain
B: E protein
E: M protein
x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 根拠: 電子顕微鏡法
  • 19.8 MDa, 720 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,819,673720
ポリマ－19,819,673720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: heavy chain
H: light chain
G: heavy chain
M: light chain
A: E protein
C: E protein
D: M protein
F: M protein
K: heavy chain
L: light chain
B: E protein
E: M protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.65 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,651,63960
ポリマ－1,651,63960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
I: heavy chain
H: light chain
G: heavy chain
M: light chain
A: E protein
C: E protein
D: M protein
F: M protein
K: heavy chain
L: light chain
B: E protein
E: M protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.98 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,981,96772
ポリマ－1,981,96772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: 抗体 heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24694.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 light chain / / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22581.920 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 E protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 54444.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
発現宿主: Aedes albopictus C6/36 cell densovirus (ウイルス)
参照: UniProt: A0A024B7W1, フラビビリン, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#4: タンパク質 M protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8388.786 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
発現宿主: Aedes albopictus C6/36 cell densovirus (ウイルス)
参照: UniProt: A0A1V0E2H4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Zika virus ZIKV/H.COMPLEX#3-#41RECOMBINANT
3heavy chain, light chainCOMPLEX#2, #21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)2043570
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Aedes albopictus C6/36 cell densovirus (ウイルス)194675
22Homo sapiens (ヒト)9606
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embeddingMaterial: ice
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4465 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 258 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00323746
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72232256
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2753282
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443644
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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