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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ya1 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of hACE2-bound SARS-CoV-2 Omicron spike protein with L371S, P373S and F375S mutations (local refinement) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Omicron (Ο) / spike protein (スパイクタンパク質) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / endopeptidase activity / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / 小胞体 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Z.N. / Xie, Y.F. / Qi, J.X. / Gao, G.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Omicron SARS-CoV-2 mutations stabilize spike up-RBD conformation and lead to a non-RBM-binding monoclonal antibody escape. 著者: Zhennan Zhao / Jingya Zhou / Mingxiong Tian / Min Huang / Sheng Liu / Yufeng Xie / Pu Han / Chongzhi Bai / Pengcheng Han / Anqi Zheng / Lutang Fu / Yuanzhu Gao / Qi Peng / Ying Li / Yan Chai ...著者: Zhennan Zhao / Jingya Zhou / Mingxiong Tian / Min Huang / Sheng Liu / Yufeng Xie / Pu Han / Chongzhi Bai / Pengcheng Han / Anqi Zheng / Lutang Fu / Yuanzhu Gao / Qi Peng / Ying Li / Yan Chai / Zengyuan Zhang / Xin Zhao / Hao Song / Jianxun Qi / Qihui Wang / Peiyi Wang / George F Gao / 要旨: Omicron SARS-CoV-2 is rapidly spreading worldwide. To delineate the impact of emerging mutations on spike's properties, we performed systematic structural analyses on apo Omicron spike and its ...Omicron SARS-CoV-2 is rapidly spreading worldwide. To delineate the impact of emerging mutations on spike's properties, we performed systematic structural analyses on apo Omicron spike and its complexes with human ACE2 or S309 neutralizing antibody (NAb) by cryo-EM. The Omicron spike preferentially adopts the one-RBD-up conformation both before and after ACE2 binding, which is in sharp contrast to the orchestrated conformational changes to create more up-RBDs upon ACE2 binding as observed in the prototype and other four variants of concern (VOCs). Furthermore, we found that S371L, S373P and S375F substitutions enhance the stability of the one-RBD-up conformation to prevent exposing more up-RBDs triggered by ACE2 binding. The increased stability of the one-RBD-up conformation restricts the accessibility of S304 NAb, which targets a cryptic epitope in the closed conformation, thus facilitating the immune evasion by Omicron. These results expand our understanding of Omicron spike's conformation, receptor binding and antibody evasion mechanism. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ya1.cif.gz | 206.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ya1.ent.gz | 155.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ya1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7ya1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7ya1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 33699MC 7y9sC 7y9zC 7ya0C 7yadC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69038.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9BYF1, アンジオテンシン変換酵素2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 22070.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 | ||||
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78588 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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