+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xky | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii two-subunit Fumarate hydratase apo-protein complex | |||||||||
要素 | (Fumarate hydrataseフマル酸ヒドラターゼ) x 2 | |||||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Apo-protein / Class-I fumarase / two-subunit fumarase / thioredoxin-like (チオレドキシン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フマル酸ヒドラターゼ / hydro-lyase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Bellur, A. / Jayaraman, V. / Balaram, H. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023 タイトル: Revisiting the Burden Borne by Fumarase: Enzymatic Hydration of an Olefin. 著者: Bellur, A. / Das, S. / Jayaraman, V. / Behera, S. / Suryavanshi, A. / Balasubramanian, S. / Balaram, P. / Jindal, G. / Balaram, H. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xky.cif.gz | 101.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7xky.ent.gz | 77.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xky.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/7xky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/7xky | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 5dniC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32852.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: HA335_00100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A832SUM4, フマル酸ヒドラターゼ |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 22223.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: HA335_03165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A832WL32 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS, pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.46→69.62 Å / Num. obs: 17961 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.46→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.525 / Num. unique obs: 2578 / CC1/2: 0.871 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.46→52.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 8.187 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.066 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.46→52.13 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|