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万見
- PDB-7wb0: PlmCasX-sgRNAv1-dsDNA ternary complex at nts loading state with f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wb0
タイトルPlmCasX-sgRNAv1-dsDNA ternary complex at nts loading state with flexible H2 domain
要素
  • NTS-DNA
  • RNA (115-MER)
  • TS-DNA
  • dPlmCasX
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CRISPR (CRISPR) / CasX / sgRNA / R-loop complex (Rループ) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA COMPLEX
機能・相同性デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Transposase
機能・相同性情報
生物種Planctomycetes bacterium (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, S. / Liu, J.J.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Chimeric CRISPR-CasX enzymes and guide RNAs for improved genome editing activity.
著者: Connor A Tsuchida / Shouyue Zhang / Mohammad Saffari Doost / Yuqian Zhao / Jia Wang / Elizabeth O'Brien / Huan Fang / Cheng-Ping Li / Danyuan Li / Zhuo-Yan Hai / Jonathan Chuck / Julian ...著者: Connor A Tsuchida / Shouyue Zhang / Mohammad Saffari Doost / Yuqian Zhao / Jia Wang / Elizabeth O'Brien / Huan Fang / Cheng-Ping Li / Danyuan Li / Zhuo-Yan Hai / Jonathan Chuck / Julian Brötzmann / Araz Vartoumian / David Burstein / Xiao-Wei Chen / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / Jun-Jie Gogo Liu /
要旨: A compact protein with a size of <1,000 amino acids, the CRISPR-associated protein CasX is a fundamentally distinct RNA-guided nuclease when compared to Cas9 and Cas12a. Although it can induce RNA-guided genome editing in mammalian cells, the activity of CasX is less robust than that of the widely used S. pyogenes Cas9. Here, we show that structural features of two CasX homologs and their guide RNAs affect the R-loop complex assembly and DNA cleavage activity. Cryo-EM-based structural engineering of either the CasX protein or the guide RNA produced two new CasX genome editors (DpbCasX-R3-v2 and PlmCasX-R1-v2) with significantly improved DNA manipulation efficacy. These results advance both the mechanistic understanding of CasX and its application as a genome-editing tool.
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-32391
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TS-DNA
C: NTS-DNA
D: RNA (115-MER)
A: dPlmCasX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,4334
ポリマ－176,4334
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15740 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area69150 Å2

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要素

#1: DNA鎖 TS-DNA


分子量: 12283.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomycetes bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 NTS-DNA


分子量: 12193.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomycetes bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 RNA (115-MER)


分子量: 39272.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomycetes bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 dPlmCasX


分子量: 112682.570 Da / 分子数: 1 / Mutation: D659A, E756A, E922A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomycetes bacterium (バクテリア)
遺伝子: A3G70_06685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G3BXR9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1PlmCasX-sgRNAv1-dsDNA ternary complex at nts loading stateCOMPLEXall0RECOMBINANT
2DNAデオキシリボ核酸COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3RNAリボ核酸COMPLEX#31RECOMBINANT
4PlmCasXCOMPLEX#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Planctomycetes bacterium (バクテリア)2026780
32Planctomycetes bacterium (バクテリア)2026780
43Planctomycetes bacterium (バクテリア)2026780
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 2 / カテゴリ: 最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 710824 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 57 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00210657
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54715182
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.5642845
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0341779
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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