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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w52 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin | ||||||
要素 |
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キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / actin dynamics / fragmin (ダルテパリン) / gelsolin / ATP hydrolysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Striated Muscle Contraction / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin filament binding / hydrolase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physarum polycephalum (モジホコリ) Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å | ||||||
データ登録者 | Takeda, S. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis. 著者: Kanematsu, Y. / Narita, A. / Oda, T. / Koike, R. / Ota, M. / Takano, Y. / Moritsugu, K. / Fujiwara, I. / Tanaka, K. / Komatsu, H. / Nagae, T. / Watanabe, N. / Iwasa, M. / Maeda, Y. / Takeda, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w52.cif.gz | 440.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w52.ent.gz | 351.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w52.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w52 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 42109.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P68139 #2: タンパク質 | 分子量: 16587.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: the first two residues (GP) were derived from expression tag 由来: (組換発現) Physarum polycephalum (モジホコリ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94707 |
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-非ポリマー , 6種, 1516分子
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-ACT / #6: 化合物 | ChemComp-NA / #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.12 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→46.673 Å / Num. obs: 157109 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.568 % / Biso Wilson estimate: 42.022 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 17.42 / Num. measured all: 1031833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1P8Z 解像度: 2.001→46.673 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.23 Å2 / Biso mean: 42.3089 Å2 / Biso min: 16.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.001→46.673 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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