PDB-7v9r: Crystal Structure of the heptameric EcHsp60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v9r

タイトル

Crystal Structure of the heptameric EcHsp60

要素

60 kDa chaperonin

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) / mtHsp60 / Heptamer / Single-ring

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin ATPase / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Epinephelus coioides (チャイロマルハタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Lai, M.C. / Lin, S.M.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of dimeric and heptameric mtHsp60 reveal the mechanism of chaperonin inactivation.
著者: Lai, M.C. / Cheng, H.Y. / Lew, S.H. / Chen, Y.A. / Yu, C.H. / Lin, H.Y. / Lin, S.M.

履歴

登録	2021年8月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v9r.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v9r.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/7v9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/7v9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v98C 6mrdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (10)

登録構造単位

A: 60 kDa chaperonin

B: 60 kDa chaperonin

C: 60 kDa chaperonin

D: 60 kDa chaperonin

E: 60 kDa chaperonin

F: 60 kDa chaperonin

G: 60 kDa chaperonin

431 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, Negative stain TEM analysis confirmed the seven subunits formed a ring structure

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.055, 140.967, 240.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	60 kDa chaperonin / 60 kDa heat shock protein / mitochondrial / Chaperonin 60 / Heat shock protein 60 分子量: 61518.617 Da / 分子数: 7 / 変異: M330V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Epinephelus coioides (チャイロマルハタ) 遺伝子: HSP60 / プラスミド: pET-EcHsp60_T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A097BVP4, chaperonin ATPase

#1: タンパク質

60 kDa chaperonin / 60 kDa heat shock protein / mitochondrial / Chaperonin 60 / Heat shock protein 60

分子量: 61518.617 Da / 分子数: 7 / 変異: M330V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Epinephelus coioides (チャイロマルハタ)
遺伝子: HSP60 / プラスミド: pET-EcHsp60_T / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A097BVP4,

chaperonin ATPase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.75 / 詳細: 50 Mm Tris-HCl, 500 mM MgCl2, 10.5% (w/v) PEG1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月21日
放射	モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→29.79 Å / Num. obs: 51897 / % possible obs: 85.47 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 115.75 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 14.09
反射シェル	解像度: 3.5→3.625 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique obs: 4277 / CC_1/2: 0.799 / CC star: 0.942 / R_pim(I) all: 0.2743 / R_rim(I) all: 0.54 / % possible all: 71.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6mrd

6mrd

解像度: 3.5→29.79 Å / SU ML: 0.4053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2961
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	1980	3.82 %
R_work	0.1837	49895	-
obs	0.1855	51875	85.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26003	0	0	0	26003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	26219
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4531	35597
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0391	4481
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	4628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.4975	3780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.59	0.3371	112	0.2643	2920	X-RAY DIFFRACTION	71.14
3.59-3.68	0.3224	120	0.248	2982	X-RAY DIFFRACTION	72.56
3.68-3.79	0.2842	125	0.2252	3041	X-RAY DIFFRACTION	74.39
3.79-3.91	0.2857	133	0.2063	3153	X-RAY DIFFRACTION	76.76
3.91-4.05	0.2541	131	0.1941	3248	X-RAY DIFFRACTION	78.99
4.05-4.22	0.2326	138	0.1787	3402	X-RAY DIFFRACTION	82.19
4.22-4.41	0.2265	133	0.1686	3540	X-RAY DIFFRACTION	85.62
4.41-4.64	0.2375	144	0.1684	3642	X-RAY DIFFRACTION	88.05
4.64-4.93	0.1931	145	0.1624	3673	X-RAY DIFFRACTION	89.12
4.93-5.31	0.2136	153	0.1677	3789	X-RAY DIFFRACTION	91.23
5.31-5.84	0.2508	160	0.1981	3928	X-RAY DIFFRACTION	93.55
5.84-6.67	0.2802	155	0.2067	4066	X-RAY DIFFRACTION	96.55
6.67-8.38	0.2304	161	0.1776	4215	X-RAY DIFFRACTION	99.64
8.38-29.79	0.1819	170	0.1698	4296	X-RAY DIFFRACTION	97.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.62361960011	0.460642726463	0.898451673577	3.362208787	-1.01012452562	1.33773928268	-0.24862292542	0.352921889916	-0.00753378129382	0.0169530185701	0.305095716866	0.185542043007	-0.454357375649	0.169804134298	-0.0715145698174	0.632638106663	-0.0460156382595	0.0162264210426	0.682685446008	0.0187489316414	0.440008602451	-16.0327846102	-62.8407677199	-26.7942656733
2	0.846780261784	1.32470509044	-0.20319781362	6.5608610813	-0.00119989111325	1.02065168117	0.197170571014	-0.135320187108	0.0616482525695	0.422155250271	-0.176256811982	-0.0224441658076	-0.243138713499	-0.157539346456	-0.0241541181669	0.761462523402	0.102432682223	0.0230720339506	0.9563638232	-0.0493872319513	0.689339137011	-20.3406121482	-46.1281967291	-9.22408530824
3	5.87275696943	1.56361916777	-1.86553865778	3.99362362587	-4.17013488754	6.15040055615	0.104746633821	1.3950163819	0.407346132091	-1.03021079728	-0.00947444275629	0.221897019789	0.124397119927	-0.0643316094385	-0.128159557852	0.94926892676	-0.00442815007156	0.0472249842753	0.898853742007	-0.0628195000848	0.692569602213	-24.6936034461	-23.0781334257	-23.8812310628
4	2.06565161562	-0.767585342796	0.63586124308	0.940482698061	0.81736614036	1.6760662727	0.102378420232	-0.46983987831	-0.177406544705	0.386912202344	-0.0207725017703	-0.240074573598	0.196127881226	-0.0721452681977	-0.0876290350176	0.997538154067	-0.133403984091	0.0580802072756	0.888801374791	0.0610842026503	0.664365435566	-22.3007029104	-58.6787043519	-10.2566821135
5	7.38575143772	0.559188754449	-4.06069088271	1.96607578112	-0.470173089944	3.26185622163	0.0557751274534	0.598871960351	0.125118202175	0.151843434744	0.0475921446441	-0.0531706863204	-0.234568252731	-0.125345534029	-0.0694888491376	0.830758550435	0.0511206256845	-0.215729230473	0.573988754096	-0.0149353473788	0.442611062643	16.0402393664	-62.9720511303	-27.0630674385
6	2.13927351249	2.39881905324	0.234506155808	3.68407058102	1.20683228722	1.11066314805	0.449991593711	-0.0703503937911	0.37449903057	0.60328353194	-0.298763605328	0.126240939691	0.0873192523527	-0.161033537508	-0.08984613373	0.883083238903	0.121423113304	-0.00201298620011	0.730360421126	0.0693188527503	0.540897218505	28.4877427274	-53.6770879344	-7.5772440891
7	4.58817725021	-2.3356296441	0.701118294958	1.73740095203	-1.30285770337	6.18804815877	0.138147512978	0.00705134229508	-0.16428425686	-0.14319673923	0.0145091005902	0.150019268829	0.0511629096484	-0.784854264949	-0.0973805107981	0.930218221777	-0.00511309624787	0.0607693006035	0.778800939407	0.13792462299	0.94111000937	16.689272984	-25.8976479853	-18.6948897111
8	3.77873572049	1.68170997874	0.0303694763366	1.77106976186	0.712748563994	2.18604145738	0.118794585795	0.140947580138	-0.351859441791	-0.118063622802	0.0783137038438	-0.22270698188	0.104989837068	0.127376760677	-0.215319836609	0.754702430512	0.0422307206888	-0.161830793453	0.662987352462	0.0245563140096	0.486988026473	25.3601683263	-59.4895553247	-12.0700151828
9	4.34178627817	-0.531577286061	-0.722897741406	0.614927485086	-2.32637868943	6.1916385354	-0.0428462076839	0.0489900165787	0.0819038881572	0.155358382445	-0.108362298977	0.00153085334385	0.0717265721787	-0.330681183463	0.143681720128	0.695074200202	-0.00211776702187	-0.047904304014	0.528896635714	-0.080919106942	0.558294078012	35.4377178211	-63.1261740375	-51.8892994684
10	0.991234352491	2.02719874755	-0.166396958769	5.10235611717	0.00927228214767	0.258581050083	0.121257919233	0.0737628863286	0.107964884708	0.0582976022323	-0.293389634867	0.0674644616605	-0.266758857097	0.314321076966	0.151421265767	0.804318898415	0.0464828615773	0.00262564764117	1.05973097392	0.0926419362219	0.780632332409	53.8315656049	-46.0369989193	-52.2754239926
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 26 through 132 )	A	A	26 - 132	1 - 107
2	2	chain 'A' and (resid 133 through 241 )	A	A	133 - 241	108 - 216
3	3	chain 'A' and (resid 242 through 380 )	A	A	242 - 380	217 - 351
4	4	chain 'A' and (resid 381 through 550 )	A	A	381 - 550	352 - 521
5	5	chain 'B' and (resid 26 through 133 )	B	B	26 - 133	1 - 108
6	6	chain 'B' and (resid 134 through 203 )	B	B	134 - 203	109 - 178
7	7	chain 'B' and (resid 204 through 380 )	B	B	204 - 380	179 - 350
8	8	chain 'B' and (resid 381 through 550 )	B	B	381 - 550	351 - 520
9	9	chain 'C' and (resid 26 through 133 )	C	C	26 - 133	1 - 108
10	10	chain 'C' and (resid 134 through 241 )	C	C	134 - 241	109 - 216
11	11	chain 'C' and (resid 242 through 380 )	C	C	242 - 380	217 - 349
12	12	chain 'C' and (resid 381 through 550 )	C	C	381 - 550	350 - 516
13	13	chain 'D' and (resid 26 through 133 )	D	D	26 - 133	1 - 108
14	14	chain 'D' and (resid 134 through 379 )	D	D	134 - 379	109 - 348
15	15	chain 'D' and (resid 380 through 551 )	D	D	380 - 551	349 - 514
16	16	chain 'E' and (resid 26 through 133 )	E	E	26 - 133	1 - 108
17	17	chain 'E' and (resid 134 through 279 )	E	E	134 - 279	109 - 254
18	18	chain 'E' and (resid 280 through 550 )	E	E	280 - 550	255 - 517
19	19	chain 'F' and (resid 26 through 132 )	F	F	26 - 132	1 - 107
20	20	chain 'F' and (resid 133 through 219 )	F	F	133 - 219	108 - 194
21	21	chain 'F' and (resid 220 through 380 )	F	F	220 - 380	195 - 355
22	22	chain 'F' and (resid 381 through 550 )	F	F	381 - 550	356 - 522
23	23	chain 'G' and (resid 26 through 131 )	G	G	26 - 131	1 - 106
24	24	chain 'G' and (resid 132 through 241 )	G	G	132 - 241	107 - 216
25	25	chain 'G' and (resid 242 through 380 )	G	G	242 - 380	217 - 355
26	26	chain 'G' and (resid 381 through 550 )	G	G	381 - 550	356 - 525

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)