+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7v9r | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the heptameric EcHsp60 | |||||||||
Components | 60 kDa chaperonin | |||||||||
Keywords | CHAPERONE / mtHsp60 / Heptamer / Single-ring | |||||||||
Function / homology | Function and homology information chaperonin ATPase / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Epinephelus coioides (orange-spotted grouper) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | |||||||||
Authors | Lai, M.C. / Lin, S.M. | |||||||||
Funding support | Taiwan, 2items
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Citation | Journal: Life Sci Alliance / Year: 2023 Title: Crystal structures of dimeric and heptameric mtHsp60 reveal the mechanism of chaperonin inactivation. Authors: Lai, M.C. / Cheng, H.Y. / Lew, S.H. / Chen, Y.A. / Yu, C.H. / Lin, H.Y. / Lin, S.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7v9r.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7v9r.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7v9r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/7v9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/7v9r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7v98C 6mrdS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61518.617 Da / Num. of mol.: 7 / Mutation: M330V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Epinephelus coioides (orange-spotted grouper) Gene: HSP60 / Plasmid: pET-EcHsp60_T / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: A0A097BVP4, chaperonin ATPase |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.75 / Details: 50 Mm Tris-HCl, 500 mM MgCl2, 10.5% (w/v) PEG1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2020 |
Radiation | Monochromator: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→29.79 Å / Num. obs: 51897 / % possible obs: 85.47 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 115.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 14.09 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.625 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique obs: 4277 / CC1/2: 0.799 / CC star: 0.942 / Rpim(I) all: 0.2743 / Rrim(I) all: 0.54 / % possible all: 71.64 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6mrd Resolution: 3.5→29.79 Å / SU ML: 0.4053 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.2961 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 117.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→29.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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