+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sa4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Damaged 70S ribosome with PrfH bound | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() translation release factor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tian, Y. / Zeng, F. / Raybarman, A. / Carruthers, A. / Li, Q. / Fatma, S. / Huang, R.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sequential rescue and repair of stalled and damaged ribosome by bacterial PrfH and RtcB. 著者: Yannan Tian / Fuxing Zeng / Adrika Raybarman / Shirin Fatma / Amy Carruthers / Qingrong Li / Raven H Huang / ![]() ![]() 要旨: RtcB is involved in transfer RNA (tRNA) splicing in archaeal and eukaryotic organisms. However, most RtcBs are found in bacteria, whose tRNAs have no introns. Because tRNAs are the substrates of ...RtcB is involved in transfer RNA (tRNA) splicing in archaeal and eukaryotic organisms. However, most RtcBs are found in bacteria, whose tRNAs have no introns. Because tRNAs are the substrates of archaeal and eukaryotic RtcB, it is assumed that bacterial RtcBs are for repair of damaged tRNAs. Here, we show that a subset of bacterial RtcB, denoted RtcB2 herein, specifically repair ribosomal damage in the decoding center. To access the damage site for repair, however, the damaged 70S ribosome needs to be dismantled first, and this is accomplished by bacterial PrfH. Peptide-release assays revealed that PrfH is only active with the damaged 70S ribosome but not with the intact one. A 2.55-Å cryo-electron microscopy structure of PrfH in complex with the damaged 70S ribosome provides molecular insight into PrfH discriminating between the damaged and the intact ribosomes via specific recognition of the cleaved 3'-terminal nucleotide. RNA repair assays demonstrated that RtcB2 efficiently repairs the damaged 30S ribosomal subunit but not the damaged tRNAs. Cell-based assays showed that the RtcB2-PrfH pair reverse the damage inflicted by ribosome-specific ribotoxins in vivo. Thus, our combined biochemical, structural, and cell-based studies have uncovered a bacterial defense system specifically evolved to reverse the lethal ribosomal damage in the decoding center for cell survival. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24944MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-RNA鎖 , 5種, 6分子 124567
#1: RNA鎖 | ![]() 分子量: 941526.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: RNA鎖 | ![]() 分子量: 497484.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#3: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#4: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #5: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 8132.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 8
#6: タンパク質 | 分子量: 23002.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: prfH, ACU90_21550, APU18_15525, AWF59_002950, BIQ87_01470, BK373_17540, BON66_20825, BWI89_13210, CT144_20495, D7Y10_22275, D7Y10_27130, D9F32_22135, D9I20_07785, D9K02_23725, DTM10_21550, ...遺伝子: prfH, ACU90_21550, APU18_15525, AWF59_002950, BIQ87_01470, BK373_17540, BON66_20825, BWI89_13210, CT144_20495, D7Y10_22275, D7Y10_27130, D9F32_22135, D9I20_07785, D9K02_23725, DTM10_21550, ELT22_20295, EPS70_20620, EYX82_25930, FPI65_01410, FZN30_14145, G4276_18920, GFU47_22405, H5C80_23135, HIT56_004407, HIT56_005211, HJL93_003944, HJL93_005137, HJO44_002520, HJO44_004913, HmCmsJML204_02731, HNC75_19210, HNC75_28930, HV131_00110, HV297_17330, HVW93_04430, HVZ20_04675, MJ49_05415, NCTC8621_04092, NCTC9075_05254, SAMEA3472090_04540, SAMEA3752620_00615, SAMEA3753164_00045 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
---|
+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdef
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ghijklmnopqrstuvwxyz
#38: タンパク質 | ![]() 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#39: タンパク質 | ![]() 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | ![]() 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | ![]() 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | ![]() 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | ![]() 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | ![]() 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | ![]() 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | ![]() 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | ![]() 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | ![]() 分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | ![]() 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | ![]() 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | ![]() 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | ![]() 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#53: タンパク質 | ![]() 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#54: タンパク質 | ![]() 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#55: タンパク質 | ![]() 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#56: タンパク質 | ![]() 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#57: タンパク質 | ![]() 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 443分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#58: 化合物 | ChemComp-MG / #59: 化合物 | #60: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 207600 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|