PDB-7pnn: mVenus released from fusion protein.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pnn

タイトル

mVenus released from fusion protein.

要素

mVenus

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / mVenus

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related /

緑色蛍光タンパク質 /

生物発光 / generation of precursor metabolites and energy /

緑色蛍光タンパク質

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Bloch, Y. / Savvides, S.N.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: mVenus released from fusion protein.
著者: Bloch, Y. / Savvides, S.N.

履歴

登録	2021年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pnn.cif.gz	152.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pnn.ent.gz	121.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pnn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ndjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ydz-d 3dq3-d 5wwk-6 1emb-d 1qyf-d 1qxt-d 2hrs-d 3w1c-d 6ofl-2 5dpi-5 7a80-4 5dtz-3 7a8i-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: mVenus

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.064, 91.048, 118.556
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-504- HOH

#1: タンパク質	mVenus / Yellow fluorescent protein / mVenus 分子量: 27737.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence mismatch is due to chromophore formation. mVenus was preceded by another protein. This fusion degraded during a period of up to 6 months at which point these crystals, containing ...詳細: Sequence mismatch is due to chromophore formation. mVenus was preceded by another protein. This fusion degraded during a period of up to 6 months at which point these crystals, containing only the fluorescent protein were observed. 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: yfp / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM KCl, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→59.28 Å / Num. obs: 60635 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.36 % / B_iso Wilson estimate: 28.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 18.81
反射シェル	解像度: 1.43→1.52 Å / 冗長度: 13.56 % / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 9593 / CC_1/2: 0.786 / R_rim(I) all: 2.159 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS	BUILT=20210323	データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3.	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ndj

4ndj

解像度: 1.43→42.5 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1689	1999	3.3 %
R_work	0.1616	58579	-
obs	0.1619	60578	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.86 Å² / B_iso mean: 29.1716 Å² / B_iso min: 13.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.43→42.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1829	0	1	276	2106
B_iso mean	-	-	26.87	38.11	-
残基数	-	-	-	-	229

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.43-1.47	0.5118	139	0.5162	4077	4216	97
1.47-1.51	0.3811	140	0.3856	4083	4223	98
1.51-1.55	0.2738	139	0.2974	4114	4253	98
1.55-1.6	0.2818	140	0.2297	4076	4216	98
1.6-1.66	0.211	142	0.1828	4153	4295	99
1.66-1.72	0.1868	142	0.1702	4142	4284	99
1.72-1.8	0.2102	142	0.1774	4167	4309	99
1.8-1.9	0.2055	143	0.1858	4212	4355	99
1.9-2.02	0.1574	143	0.1418	4165	4308	99
2.02-2.17	0.1501	142	0.1417	4207	4349	99
2.17-2.39	0.1452	145	0.14	4216	4361	99
2.39-2.74	0.1387	144	0.141	4245	4389	100
2.74-3.45	0.154	147	0.1457	4299	4446	100
3.45-42.5	0.1555	151	0.1542	4423	4574	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5806	-1.1786	-0.6089	5.4673	4.7675	5.6684	0.096	-0.1234	-0.2318	0.0986	-0.3378	0.4876	0.4982	-0.7679	0.3809	0.2808	-0.1175	-0.0277	0.3716	0.0234	0.2871	7.4342	18.0569	7.1109
2	3.6284	1.3184	0.9476	1.1673	0.0705	2.26	0.0167	-0.2612	-0.1247	0.1102	-0.0067	0.0164	-0.0234	-0.2699	-0.0127	0.1861	0.0099	-0.0037	0.2341	0.0055	0.1874	23.3708	31.616	20.8737
3	2.6331	2.7883	3.7996	3.5469	3.2047	6.9218	-0.1451	-0.4884	0.2416	-0.1173	-0.0736	0.4172	-0.275	-1.0464	0.2552	0.1642	0.0163	-0.0173	0.3768	0.0325	0.244	13.4755	34.0908	13.3826
4	0.1919	0.0184	0.2168	0.0495	-0.0321	0.2967	0.0191	-0.1866	0.0035	0.1289	0.0058	0.01	-0.0956	-0.1573	0.0005	0.1936	0.0172	-0.0088	0.1966	0.0098	0.1788	26.4605	36.6491	16.9108
5	1.5045	0.64	1.3553	0.9959	0.3878	1.7002	0.0834	-0.0137	-0.1515	-0.0763	0.057	0.0385	0.2573	-0.1468	-0.1254	0.1896	-0.0238	-0.0219	0.1643	0.017	0.1963	21.6102	23.9408	5.1695
6	3.5687	1.4391	0.5266	1.8837	-0.2543	2.2889	0.1813	-0.3628	-0.3984	0.1109	-0.0853	-0.0708	0.3195	-0.1536	-0.0569	0.2071	-0.0107	-0.0287	0.1956	0.0328	0.2064	25.9182	24.8852	17.4812
7	1.3354	-0.2687	0.0572	1.8936	-0.2885	2.6158	-0.1683	-0.0914	0.1471	0.1824	0.0427	-0.1829	-0.5377	0.2202	0.1211	0.2363	-0.0269	-0.0391	0.1729	-0.0102	0.1986	33.7562	43.5941	12.4242
8	0.9895	0.6346	0.092	2.6164	0.4007	1.9562	0.058	-0.0038	-0.1924	-0.1382	-0.0753	-0.1014	0.2159	-0.016	0.0149	0.1839	0.0114	-0.0136	0.1562	-0.0028	0.2187	28.1547	26.6866	0.9948
9	1.1823	0.2362	0.6196	0.5594	-0.1699	2.4499	0.0037	-0.1209	-0.0365	0.0053	0.0328	0.0373	0.0275	-0.2135	-0.0137	0.1271	0.012	-0.0135	0.145	0.0109	0.158	23.528	32.1108	7.9236
10	1.1243	0.0587	0.4014	5.2364	5.2983	9.1259	-0.0376	-0.0074	-0.0198	-0.1346	-0.0119	0.2465	-0.0558	-0.3926	0.121	0.1648	-0.0053	-0.0204	0.2083	0.0351	0.1998	16.6944	34.0566	5.1231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 12 )	A	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 37 )	A	13 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 49 )	A	38 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 67 )	A	50 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 68 through 103 )	A	68 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 104 through 127 )	A	104 - 127
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 128 through 146 )	A	128 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 147 through 169 )	A	147 - 169
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 170 through 215 )	A	170 - 215
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 216 through 229 )	A	216 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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