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- PDB-7o0v: Cryo-EM structure (model_2a) of the RC-dLH complex from Gemmatimo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o0v
タイトルCryo-EM structure (model_2a) of the RC-dLH complex from Gemmatimonas phototrophica at 2.5 A
要素
  • (LHC domain-containing ...) x 2
  • (LHh-alpha) x 2
  • (Light-harvesting protein B:885 subunit ...) x 2
  • MULTIHEME_CYTC domain-containing protein
  • PRCH domain-containing protein
  • Photosynthetic reaction center L subunit
  • RC-Hc
  • RC-M
  • RC-S
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Photosynthesis (光合成) / reaction centre light harvesting complex / RC-dLH / RC-LH1 / carotenoid (カロテノイド) / quinone (キノン) / bacteriochlorophyll a (バクテリオクロロフィル) / Gemmatimonas phototrophica
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0V9 / バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / Chem-CD4 / SPIRILLOXANTHIN / : / HEME C / MENAQUINONE 8 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Chem-PGW ...Chem-0V9 / バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / Chem-CD4 / SPIRILLOXANTHIN / : / HEME C / MENAQUINONE 8 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Chem-PGW / Chem-UYH / Chem-V75 / Chem-V7B / Chem-V7N / Reaction center protein L chain / Uncharacterized protein / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Light-harvesting protein B:885 subunit beta / Photosynthetic reaction centre H subunit N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Qian, P. / Koblizek, M.
資金援助 チェコ, 英国, European Union, 7件
組織認可番号国
Czech Science Foundation19-28778X,19-28323X チェコ
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1 英国
European Research Council (ERC)854126European Union
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000441 チェコ
Wellcome TrustWellcome Trust 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC UP 120117 英国
Royal SocietyUF160039 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: 2.4-Å structure of the double-ring photosystem.
著者: Pu Qian / Alastair T Gardiner / Ivana Šímová / Katerina Naydenova / Tristan I Croll / Philip J Jackson / Nupur / Miroslav Kloz / Petra Čubáková / Marek Kuzma / Yonghui Zeng / Pablo ...著者: Pu Qian / Alastair T Gardiner / Ivana Šímová / Katerina Naydenova / Tristan I Croll / Philip J Jackson / Nupur / Miroslav Kloz / Petra Čubáková / Marek Kuzma / Yonghui Zeng / Pablo Castro-Hartmann / Bart van Knippenberg / Kenneth N Goldie / David Kaftan / Pavel Hrouzek / Jan Hájek / Jon Agirre / C Alistair Siebert / David Bína / Kasim Sader / Henning Stahlberg / Roman Sobotka / Christopher J Russo / Tomáš Polívka / C Neil Hunter / Michal Koblížek /
要旨: Phototrophic Gemmatimonadetes evolved the ability to use solar energy following horizontal transfer of photosynthesis-related genes from an ancient phototrophic proteobacterium. The electron cryo- ...Phototrophic Gemmatimonadetes evolved the ability to use solar energy following horizontal transfer of photosynthesis-related genes from an ancient phototrophic proteobacterium. The electron cryo-microscopy structure of the photosystem at 2.4 Å reveals a unique, double-ring complex. Two unique membrane-extrinsic polypeptides, RC-S and RC-U, hold the central type 2 reaction center (RC) within an inner 16-subunit light-harvesting 1 (LH1) ring, which is encircled by an outer 24-subunit antenna ring (LHh) that adds light-gathering capacity. Femtosecond kinetics reveal the flow of energy within the RC-dLH complex, from the outer LHh ring to LH1 and then to the RC. This structural and functional study shows that has independently evolved its own compact, robust, and highly effective architecture for harvesting and trapping solar energy.
履歴
登録2021年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12680
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: LHh-alpha
AB: LHh-alpha
AC: LHh-alpha
AD: LHh-alpha
AE: LHh-alpha
AF: LHh-alpha
AG: LHh-alpha
AH: LHh-alpha
AI: LHh-alpha
AJ: LHh-alpha
AK: LHh-alpha
AL: LHh-alpha
AM: LHh-alpha
AN: LHh-alpha
AO: LHh-alpha
AP: LHh-alpha
AQ: LHh-alpha
AR: LHh-alpha
AS: LHh-alpha
AT: LHh-alpha
AU: LHh-alpha
AV: LHh-alpha
AW: LHh-alpha
AX: LHh-alpha
BA: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BB: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BC: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BD: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BE: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BF: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BG: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BH: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BI: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BJ: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BK: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BL: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BM: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BN: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BO: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BP: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BQ: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BR: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BS: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BT: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BU: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BV: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BW: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
BX: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
C: MULTIHEME_CYTC domain-containing protein
C1: RC-S
H1: PRCH domain-containing protein
H2: RC-Hc
L: Photosynthetic reaction center L subunit
M: RC-M
aa: LHC domain-containing protein
ab: LHC domain-containing protein
ac: LHC domain-containing protein
ad: LHC domain-containing protein
ae: LHC domain-containing protein
af: LHC domain-containing protein
ag: LHC domain-containing protein
ah: LHC domain-containing protein
ai: LHC domain-containing protein
aj: LHC domain-containing protein
ak: LHC domain-containing protein
al: LHC domain-containing protein
am: LHC domain-containing protein
an: LHC domain-containing protein
ao: LHC domain-containing protein
ap: LHC domain-containing protein
ba: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bb: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bc: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bd: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
be: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bf: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bg: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bh: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bi: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bj: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bk: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bl: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bm: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bn: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bo: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
bp: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)847,416401
ポリマ－630,13086
非ポリマー217,286315
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Negatively stained EM and ice-embedded cryo-EM show mono dispersed particles. Gel filtration chromatography showed a single peak. Mass confirmed the existence of single polypeptides.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 8種, 30分子 AAABAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXACADCC1H1H2LM

#1: タンパク質 ...
LHh-alpha


分子量: 6061.153 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
#2: タンパク質 LHh-alpha


分子量: 6061.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
#5: タンパク質 MULTIHEME_CYTC domain-containing protein


分子量: 38457.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A143BHR6
#6: タンパク質 RC-S


分子量: 21079.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
#7: タンパク質 PRCH domain-containing protein


分子量: 7854.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A143BJ28
#8: タンパク質 RC-Hc


分子量: 20022.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
#9: タンパク質 Photosynthetic reaction center L subunit / Reaction center protein L chain


分子量: 30581.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A143BHR2
#10: タンパク質 RC-M


分子量: 41154.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)

-
Light-harvesting protein B:885 subunit ... , 2種, 40分子 BABCBFBGBHBJBKBLBMBNBOBPBUBXbabbbcbdbebfbgbhbibjbkblbmbobpBB...

#3: タンパク質・ペプチド ...
Light-harvesting protein B:885 subunit beta


分子量: 5084.809 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A143BHS8
#4: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein B:885 subunit beta


分子量: 4955.630 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
遺伝子: GEMMAAP_06500 / 発現宿主: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A143BHS8

-
LHC domain-containing ... , 2種, 16分子 aaabacadaeafagahaiajakalamanaoap

#11: タンパク質 LHC domain-containing protein


分子量: 7695.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A143BHS7
#12: タンパク質
LHC domain-containing protein


分子量: 7723.052 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
参照: UniProt: A0A143BHS7

-
糖 , 3種, 124分子

#13: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-4DManpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE
#15: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#19: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 14種, 680分子

#14: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル


分子量: 911.504 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#16: 化合物...
ChemComp-V7N / (2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid


分子量: 610.865 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H54O4
#17: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#18: 化合物 ChemComp-V75 / (2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-4,5-diacetyloxy-3-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid


分子量: 262.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H14O8
#20: 化合物
ChemComp-0V9 / (19R,22S)-25-amino-22-hydroxy-22-oxido-16-oxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphapentacosan-19-yl (9Z)-hexadec-9-enoate


分子量: 689.943 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H72NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物
ChemComp-CD4 / (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate / tetramyristoyl-cardiolipin / テトラミリストイルカルジオリピン


分子量: 1241.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C65H126O17P2
#22: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG / Phosphatidylglycerol


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物 ChemComp-MQ8 / MENAQUINONE 8 / 2-METHYL-3-(3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYL-DOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL)-[1,4]NAPTHOQUINONE / メナキノン


分子量: 717.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H72O2
#24: 化合物 ChemComp-V7B / [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(12-methyltridecanoyloxy)propyl] 12-methyltridecanoate


分子量: 837.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H80O15
#25: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン / フェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#26: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#27: 化合物 ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2
#28: 化合物 ChemComp-UYH / [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-octadecanoyloxy-propyl] octadecanoate


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C45H86O10
#29: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RC-dLH (model_2a) / タイプ: COMPLEX
詳細: Reaction centre light harvesting complex (model_2a) from Gemmatimonas phototrophic AP64
Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.800 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア) / 株: AP64
緩衝液pH: 8
詳細: The final purified complex is in 20mM Tris.Cl, 0.025 DDM, PH 8.0 buffer.
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris.Cl1
20.02 %DDM1
試料濃度: 6.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The protein complex was isolated from photosynthetic membrane using detergent beta-DDM. After purification, concentrated protein sample solution was stored in LN before using.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Talmon type

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.2 sec. / 電子線照射量: 24.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19865
詳細: All movies were recorded from a HexAuFoil grid with a special EPU version, which can recognise 300 nm holes on the grid.

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_4014精密化
PHENIXdev_4014精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
5Cootモデルフィッティング
6UCSF Chimeraモデルフィッティング
14RELION3.1分類
15RELION3.1３次元再構成
9CTFFIND4CTF補正
12EMAN2初期オイラー角割当
13EMAN2最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1517482
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103156 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 30 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: ISOLDE incorporated in ChimeraX was used.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
11LGH

1lgh

1
25Y5S

5y5s

1
36ET5

6et5

1
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 51.03 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004257348
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.069278898
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04648044
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01088888
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.627519566

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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