+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n51 | ||||||
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Title | Structure of a bacterial gasdermin from Vitiosangium sp. | ||||||
Components | Gasdermin | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / gasdermin / immunity / membrane / pore-forming protein / lipid binding protein / palmitoylation | ||||||
Function / homology | defense response to virus / plasma membrane / cytoplasm / Gasdermin bGSDM Function and homology information | ||||||
Biological species | Vitiosangium sp. GDMCC 1.1324 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.67 Å | ||||||
Authors | Johnson, A.G. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Science / Year: 2022 Title: Bacterial gasdermins reveal an ancient mechanism of cell death. Authors: Johnson, A.G. / Wein, T. / Mayer, M.L. / Duncan-Lowey, B. / Yirmiya, E. / Oppenheimer-Shaanan, Y. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. #1: Journal: Biorxiv / Year: 2021 Title: Bacterial gasdermins reveal an ancient mechanism of cell death Authors: Johnson, A.G. / Wein, T. / Mayer, M.L. / Duncan-Lowey, B. / Yirmiya, E. / Oppenheimer-Shaanan, Y. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7n51.cif.gz | 135.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7n51.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7n51.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/7n51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/7n51 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28494.609 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vitiosangium sp. GDMCC 1.1324 (bacteria) Gene: DAT35_31115 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2T4VDM4 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 90 mM HEPES-KOH (pH 7.5), 1.2 M tri-sodium citrate, and 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97911 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.67→47.19 Å / Num. obs: 37407 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 39.4 % / Biso Wilson estimate: 34.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.011 / Net I/σ(I): 28 |
Reflection shell | Resolution: 1.68→1.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1876 / CC1/2: 0.602 / Rpim(I) all: 0.74 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.67→41.76 Å / SU ML: 0.2001 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.6403 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.67→41.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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