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- PDB-7meq: Crystal structure of human TMPRSS2 in complex with Nafamostat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7meq
タイトルCrystal structure of human TMPRSS2 in complex with Nafamostat
要素Transmembrane protease serine 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COVID19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / protease (プロテアーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
4-carbamimidamidobenzoic acid / Transmembrane protease serine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fraser, B. / Beldar, S. / Hutchinson, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Edwards, A.M. / Benard, F. / Arrowsmith, C.H. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure and activity of human TMPRSS2 protease implicated in SARS-CoV-2 activation.
著者: Fraser, B.J. / Beldar, S. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Mannar, D. / Li, Y. / Kwon, D. / Tan, R. / Wilson, R.P. / Leopold, K. / Subramaniam, S. / Halabelian, L. / Arrowsmith, C.H. / Benard, F.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structure, activity and inhibition of human TMPRSS2, a protease implicated in SARS-CoV-2 activation
著者: Fraser, B.J. / Beldar, S. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Mannar, D. / Li, Y. / Kwon, D. / Tan, R. / Wilson, R.P. / Leopold, K. / Subramaniam, S. / Halabelian, L. / Arrowsmith, C.H. / Benard, F.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protease serine 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4976
ポリマ－43,8931
非ポリマー6045
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.445, 51.425, 64.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 / Serine protease 10


分子量: 43893.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GBS / 4-carbamimidamidobenzoic acid / Nafamostat, bound form / 4-グアニジノ安息香酸 / ナファモスタット


分子量: 179.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: 抗がん剤, 抗凝固剤, 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細In this construct Ser250 is deleted and residues 251-255 are replaced with 251-DDDDK-255 to modify ...In this construct Ser250 is deleted and residues 251-255 are replaced with 251-DDDDK-255 to modify autoproteolytic activity. The protein is expressed as a zymogen and activated through autoproteolytic cleavage of loop region residues 255-256. The cleaved I256 adopts a catalytically active mode by forming a salt bridge with Asp440. A similar activation mechanism has been observed for other proteases such as PDB ID 6KD5.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30.0% (w/v) Jeffamine ED-2001 7.0, 0.1 M HEPES pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→43.08 Å / Num. obs: 27823 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 33.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 121763 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-24.30.811850819710.7790.4240.9221.598.9
8.94-43.084.50.03413543020.9980.0160.03834.192.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1z8g

1z8g


解像度: 1.95→40.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.136
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1322 4.76 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 27797 97.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 143.93 Å2 / Biso mean: 54.14 Å2 / Biso min: 25.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.4208 Å20 Å2-7.66 Å2
2--5.0472 Å20 Å2
3---14.3736 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→40.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 43 118 2643
Biso mean--80.77 45.95 -
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d825SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes442HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2598HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion338SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2909SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2598HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3550HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.06
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 23 4.14 %
Rwork0.2226 533 -
all0.2232 556 -
obs--97.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.3127 Å / Origin y: -8.3286 Å / Origin z: 13.8778 Å
111213212223313233
T0.1856 Å20.0184 Å20.0754 Å2--0.2074 Å2-0.0142 Å2---0.1874 Å2
L0.8045 °20.0343 °2-0.165 °2-1.1951 °2-0.1946 °2--2.1824 °2
S-0.012 Å °0.0613 Å °-0.0408 Å °-0.0716 Å °0.031 Å °-0.0976 Å °0.0925 Å °0.1445 Å °-0.019 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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