PDB-7aho: RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aho

タイトル

RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34

要素

RuvB-like 1
RuvB-like 2

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / RUVBL1-RUVBL2 /

DHX34 /

Nonsense-Mediated mRNA Decay (ナンセンス変異依存mRNA分解機構) / RNA degradation /

Cryo-EM (低温電子顕微鏡法)

機能・相同性

機能・相同性情報

promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / Swr1 complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / regulation of double-strand break repair / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body ...promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / Swr1 complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / regulation of double-strand break repair / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / Ino80 complex / box C/D snoRNP assembly / protein folding chaperone complex /

NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of chromosome organization / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination /

regulation of DNA replication /

MLL1 complex / TFIID-class transcription factor complex binding /

regulation of embryonic development / Telomere Extension By Telomerase / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding /

regulation of DNA repair / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / positive regulation of DNA repair / TBP-class protein binding /

DNA helicase activity /

telomere maintenance / cellular response to estradiol stimulus /

ADP binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / DNA Damage Recognition in GG-NER /

ユークロマチン / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromatin DNA binding /

beta-catenin binding /

nuclear matrix / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / UCH proteinases / cellular response to UV / unfolded protein binding /

ヌクレオソーム /

フォールディング / HATs acetylate histones /

ATPase binding /

精子形成 / regulation of apoptotic process / DNA recombination /

ヘリカーゼ /

transcription coactivator activity / protein stabilization /

regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases /

クロマチンリモデリング /

cadherin binding /

細胞周期 /

ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding /

細胞分裂 /

DNA修復 /

中心体 / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription /

ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome /

核質 /

ATP binding /

生体膜 / identical protein binding /

細胞核 /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å

データ登録者

Lopez-Perrote, A. / Rodriguez, C.F. / Llorca, O.

資金援助

スペイン, 3件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Regulation of RUVBL1-RUVBL2 AAA-ATPases by the nonsense-mediated mRNA decay factor DHX34, as evidenced by Cryo-EM.
著者: Andres López-Perrote / Nele Hug / Ana González-Corpas / Carlos F Rodríguez / Marina Serna / Carmen García-Martín / Jasminka Boskovic / Rafael Fernandez-Leiro / Javier F Caceres / Oscar Llorca /

要旨: Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a surveillance pathway that degrades aberrant mRNAs and also regulates the expression of a wide range of physiological transcripts. RUVBL1 and RUVBL2 AAA-ATPases ...

履歴

登録	2020年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-11789 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aho.cif.gz	315.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aho.ent.gz	256.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/7aho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/7aho	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	11789MC 11788C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k0r-2 2xsz-d 11789 6qi9-d 3uk6-2 6qi8-d 6k0r-1 3uk6-1 3085 4j8x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RuvB-like 1

B: RuvB-like 1

C: RuvB-like 1

D: RuvB-like 2

E: RuvB-like 2

F: RuvB-like 2

ヘテロ分子

319 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	RuvB-like 1 / / 49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa ...49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-54 / INO80 complex subunit H / Nuclear matrix protein 238 / NMP 238 / Pontin 52 / TIP49a / TIP60-associated protein 54-alpha / TAP54-alpha 分子量: 52710.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL1, INO80H, NMP238, TIP49, TIP49A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y265, ヘリカーゼ
#2: タンパク質	RuvB-like 2 / 48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa ...48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-51 / INO80 complex subunit J / Repressing pontin 52 / Reptin 52 / TIP49b / TIP60-associated protein 54-beta / TAP54-beta 分子量: 53047.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL2, INO80J, TIP48, TIP49B, CGI-46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y230, ヘリカーゼ
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34 タイプ: COMPLEX 詳細: Structure of the RUVBL1-RUVBL2 hetero-hexameric ring region after the interaction of RNA helicase DHX34 Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.44928 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3)
緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.4, 150 mM NaCl
緩衝液成分	単位: mM / 名称: TBS / 式: Tris-NaCl
試料	濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 47756 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 48.1 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3047
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 40

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	Gautomatch	0.56	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	RELION		CTF補正
7	PHENIX		モデルフィッティング
9	cryoSPARC		初期オイラー角割当
10	RELION		最終オイラー角割当
11	RELION		分類
12	RELION		３次元再構成
13	Coot		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 353057

3次元再構成

解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101774 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 2XSZ

2xsz

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	13684
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.877	18467
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.889	8434
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.058	2200
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	2352

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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