[日本語] English
万見
- PDB-6xd0: Dengue serotype 3 RNA-dependent RNA polymerase bound to NITD-434 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xd0
タイトルDengue serotype 3 RNA-dependent RNA polymerase bound to NITD-434
要素RNA-dependent RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Dengue RdRp
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / : / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / : / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-V0M / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.012 Å
データ登録者Arora, R. / Benson, T.E. / Liew, C.W. / Lescar, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2020
タイトル: Two RNA Tunnel Inhibitors Bind in Highly Conserved Sites in Dengue Virus NS5 Polymerase: Structural and Functional Studies.
著者: Arora, R. / Liew, C.W. / Soh, T.S. / Otoo, D.A. / Seh, C.C. / Yue, K. / Nilar, S. / Wang, G. / Yokokawa, F. / Noble, C.G. / Chen, Y.L. / Shi, P.Y. / Lescar, J. / Smith, T.M. / Benson, T.E. / Lim, S.P.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7009
ポリマ－73,6251
非ポリマー1,0758
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.660, 176.240, 57.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase / RNA依存性RNAポリメラーゼ


分子量: 73624.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1XTB9, UniProt: Q6YMS4*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 407分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-V0M / 2-[({2-[(2,6-dichlorophenyl)amino]phenyl}acetyl)amino]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid


分子量: 455.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20Cl2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris.HCl pH 8.2 to 8.4, 26 to 28 % PEG 550 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.012→88.122 Å / Num. obs: 54522 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 20.1 / Num. measured all: 364116
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.012-2.0186.70.60337045550.2510.6543.199.1
9.333-88.12250.03132086390.0140.0354699.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.10.3 (3-OCT-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.012→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.122
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1935 2764 5.08 %RANDOM
Rwork0.1749 ---
obs0.1759 54451 98.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 93.6 Å2 / Biso mean: 48.31 Å2 / Biso min: 27.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6036 Å20 Å20 Å2
2---11.0145 Å20 Å2
3---7.4109 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.012→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4803 0 65 399 5267
Biso mean--63.51 55.99 -
残基数----589
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1778SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes841HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5011HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion625SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4506SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5011HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6783HARMONIC20.86
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.01
LS精密化 シェル解像度: 2.012→2.018 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2943 53 4.86 %
Rwork0.2066 1037 -
obs--98.58 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.8715 Å / Origin y: 59.391 Å / Origin z: 16.1249 Å
111213212223313233
T-0.1024 Å20.0042 Å20.02 Å2--0.0891 Å2-0.0131 Å2---0.1246 Å2
L0.7423 °2-0.0888 °2-0.0111 °2-0.3364 °2-0.1908 °2--0.7381 °2
S0.0511 Å °0.0624 Å °0.0822 Å °-0.0815 Å °-0.0126 Å °-0.0917 Å °-0.0554 Å °0.0117 Å °-0.0385 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る