PDB-6weq: DENV1 NS1 in complex with neutralizing 2B7 Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6weq

タイトル

DENV1 NS1 in complex with neutralizing 2B7 Fab fragment

要素

2B7 Fab fragment heavy chain
2B7 Fab fragment light chain
Non-structural protein 1

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Flavivirus NS1 /

Antibody (抗体) /

Fab fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / : /

double-stranded RNA binding /

カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...
類似検索 - 分子機能

: / Flavivirus capsid protein C superfamily /

RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily /

RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. /

RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain /

DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily /

Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain /

RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Akey, D.L. / Smith, J.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural basis for antibody inhibition of flavivirus NS1-triggered endothelial dysfunction.
著者: Biering, S.B. / Akey, D.L. / Wong, M.P. / Brown, W.C. / Lo, N.T.N. / Puerta-Guardo, H. / Tramontini Gomes de Sousa, F. / Wang, C. / Konwerski, J.R. / Espinosa, D.A. / Bockhaus, N.J. / ...

履歴

登録	2020年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月20日	Group: Database references / Experimental preparation カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6weq.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6weq.ent.gz	1006.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6weq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6weq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6weq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6werC 7k93C 4o6bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wer-d 6utk-d 4dnr-d 6bbn-d 5js9-d 5fyl-d 6mzg-1 5c7k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1

C: Non-structural protein 1

D: Non-structural protein 1

E: 2B7 Fab fragment heavy chain

F: 2B7 Fab fragment light chain

G: 2B7 Fab fragment heavy chain

H: 2B7 Fab fragment light chain

I: 2B7 Fab fragment heavy chain

J: 2B7 Fab fragment light chain

K: 2B7 Fab fragment heavy chain

L: 2B7 Fab fragment light chain

ヘテロ分子

392 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1

E: 2B7 Fab fragment heavy chain

F: 2B7 Fab fragment light chain

G: 2B7 Fab fragment heavy chain

H: 2B7 Fab fragment light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
196 kDa, 6 ポリマー
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2

C: Non-structural protein 1

D: Non-structural protein 1

I: 2B7 Fab fragment heavy chain

J: 2B7 Fab fragment light chain

K: 2B7 Fab fragment heavy chain

L: 2B7 Fab fragment light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
196 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.446, 329.709, 86.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.783, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2
1	3
2	3
3	3
4	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A'	A	-10 - 108
1	2	1	chain 'A'	A	129 - 349
1	3	1	chain 'A'	A	401
1	4	1	chain 'A'	A	421
2	5	1	chain 'B'	B	-10 - 108
2	6	1	chain 'B'	B	129 - 349
2	7	1	chain 'B'	B	401
2	8	1	chain 'B'	B	421
3	9	1	chain 'C'	C	-10 - 108
3	10	1	chain 'C'	C	129 - 349
3	11	1	chain 'C'	C	401
3	12	1	chain 'C'	C	421
4	13	1	chain 'D'	D	-10 - 108
4	14	1	chain 'D'	D	129 - 349
4	15	1	chain 'D'	D	401
4	16	1	chain 'D'	D	421
1	17	2	(chain 'E' and (resid 2 through 132 or resid 136 through 219))	E	2 - 132
1	18	2	(chain 'E' and (resid 2 through 132 or resid 136 through 219))	E	136 - 162
1	19	2	(chain 'E' and (resid 2 through 132 or resid 136 through 219))	E	167 - 219
2	20	2	chain 'G'	G	2 - 132
2	21	2	chain 'G'	G	136 - 162
2	22	2	chain 'G'	G	167 - 219
3	23	2	chain 'I'	I	2 - 132
3	24	2	chain 'I'	I	136 - 162
3	25	2	chain 'I'	I	167 - 219
4	26	2	chain 'K'	K	2 - 132
4	27	2	chain 'K'	K	136 - 162
4	28	2	chain 'K'	K	167 - 219
1	29	3	chain 'F'	F	1 - 215
2	30	3	chain 'H'	H	1 - 215
3	31	3	chain 'J'	J	1 - 215
4	32	3	chain 'L'	L	1 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質

Non-structural protein 1

分子量: 42795.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
発現宿主:

unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9J7C6

#2: 抗体

2B7 Fab fragment heavy chain

分子量: 28651.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Mus musculus (ハツカネズミ)

#3: 抗体

2B7 Fab fragment light chain

分子量: 26204.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Mus musculus (ハツカネズミ)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2 M trisodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→48.17 Å / Num. obs: 62008 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 95.38 Å² / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.3 / R_pim(I) all: 0.122 / R_rim(I) all: 0.3245 / Net I/av σ(I): 5.91 / Net I/σ(I): 5.91
反射シェル	解像度: 3.2→3.314 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.661 / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / Num. unique obs: 6154 / CC_1/2: 0.415 / CC star: 0.766 / R_pim(I) all: 0.6778 / R_rim(I) all: 1.795 / % possible all: 99.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JBluIce-EPICS		データ収集
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4o6b

4o6b

解像度: 3.2→48.17 Å / SU ML: 0.5059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 27.2833

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2612	3092	4.99 %
R_work	0.207	-	-
obs	0.2097	61969	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24052	0	5	0	24057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0108	24660
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2451	33523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	3708
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	4265
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.9071	8897

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.25	0.3832	121	0.3571	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.3	0.3644	122	0.3526	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.3-3.36	0.3838	147	0.3211	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.36-3.42	0.3408	138	0.2833	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.42-3.49	0.3401	142	0.2642	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.49-3.56	0.3183	132	0.2624	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.64	0.3093	140	0.2649	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.64-3.72	0.3603	130	0.2652	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.72-3.81	0.3043	144	0.2535	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.81-3.92	0.2616	130	0.2524	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.92-4.03	0.2834	148	0.2378	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.03-4.16	0.2521	164	0.2133	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.16-4.31	0.2251	140	0.1833	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.31-4.48	0.2114	132	0.168	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.48-4.69	0.2178	135	0.1627	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-4.93	0.2181	136	0.1592	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.93-5.24	0.2314	153	0.1662	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-5.65	0.2494	162	0.1736	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
5.65-6.21	0.2593	130	0.1777	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
6.21-7.11	0.2502	153	0.1817	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.89
7.11-8.95	0.2159	151	0.1865	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.96
8.95-48.17	0.2599	142	0.1923	2689	X-RAY DIFFRACTION	98.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.14160049027	0.0763002148064	0.00710969334273	2.44710132316	-0.251519122896	1.93809220461	0.115869639936	-0.149001141713	-0.317457792569	-0.0122837348033	-0.0107250888484	0.170988770112	0.271361388989	-0.0151467451031	0.000198733670715	0.596833795193	-0.0187566711205	0.0102930579258	0.722333288416	0.0111399883238	0.632438953098	46.7872256446	116.039062663	3.80989119587
2	1.27884310718	0.259048495494	0.248736310487	1.7467687353	-0.213137374235	1.33503908704	-0.170071594103	-0.0524087077346	0.148446819239	0.0785919047498	0.0399420784562	0.00030298813553	-0.237942103492	0.151768019193	0.0012062424099	0.584689839661	-0.0600823194197	-0.00924897164909	0.751096636265	-0.029262719859	0.545065157386	47.47464794	151.105148964	-5.83344810006
3	1.69405919369	0.199511367979	0.130990643113	2.34698993881	-0.0750471439949	1.17192216309	0.00655264179272	0.0250874422288	0.247626844442	0.0798555157722	0.0139056678508	0.241237787512	-0.140252086871	-0.0122017736761	0.000121947739941	0.560969271076	-0.0401558171403	0.0509163242055	0.765419604709	0.0509288064989	0.597344444218	47.0283132419	163.443167999	39.4262280294
4	1.68800005131	0.599205911635	0.0391261972023	2.47950845834	0.152324628077	1.09996769678	0.0749016946841	0.0446467881465	-0.349008924593	0.06870819903	-0.137707441839	-0.360027604633	0.289904108044	0.133999923546	0.00108908458903	0.692371209612	0.00615738099755	0.00761294116336	0.712468307266	0.000430984545459	0.611511344872	48.4014935549	128.300102015	49.0238178059
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid -10 through 401)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid -10 through 401)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid -10 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid -10 through 401)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 2 through 219)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 1 through 215)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 2 through 219)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 1 through 215)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 2 through 219)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 1 through 215)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 2 through 219)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 1 through 215)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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