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- PDB-6vwa: C-terminal regulatory domain of the chloride transporter KCC-1 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vwa
タイトルC-terminal regulatory domain of the chloride transporter KCC-1 from C. elegans
要素K+/Cl-Cotransporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Cation-chloride-cotransporter / Slc transporter / cytosolic domain (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / chloride transmembrane transport / chemical synaptic transmission / membrane => GO:0016020 / シナプス / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
SLC12A transporter family / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / K+/Cl- Cotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.196 Å
データ登録者Zimanyi, C.M. / Cheung, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Simons Foundation Autism Research Initiative534503 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure of the Regulatory Cytosolic Domain of a Eukaryotic Potassium-Chloride Cotransporter.
著者: Zimanyi, C.M. / Guo, M. / Mahmood, A. / Hendrickson, W.A. / Hirsh, D. / Cheung, J.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K+/Cl-Cotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8416
ポリマ－46,1341
非ポリマー7075
水1,65792
1
A: K+/Cl-Cotransporter
ヘテロ分子

A: K+/Cl-Cotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,68212
ポリマ－92,2682
非ポリマー1,41410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area4210 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area34230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.647, 75.647, 146.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1243-

HOH

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要素

#1: タンパク質 K+/Cl-Cotransporter / KCC-1


分子量: 46134.020 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal regulatory domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: kcc-1, CELE_R13A1.2, R13A1.2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: S6FCX2
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 50% w/v PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.196→50 Å / Num. obs: 24878 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 37.95 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rsym value: 0.182 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.196→2.28 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.51 / Num. unique obs: 2448 / CC1/2: 0.476 / CC star: 0.803 / % possible all: 99.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VW9

6vw9


解像度: 2.196→48.955 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 1152 4.63 %
Rwork0.1818 --
obs0.1838 24872 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.49 Å2 / Biso mean: 53.5041 Å2 / Biso min: 19.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.196→48.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2595 0 47 92 2734
Biso mean--69.98 52.53 -
残基数----325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8963583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6331046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004448
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.196-2.29550.32411320.30462953
2.2955-2.41650.32831460.2562903
2.4165-2.56790.30371350.22922963
2.5679-2.76610.23841470.21672921
2.7661-3.04450.25461400.19582971
3.0445-3.48490.22971600.17152944
3.4849-4.39020.17351270.14653008
4.3902-48.9550.19271650.1583057
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.124-0.88690.13682.9372-0.57841.56720.03190.047-0.0885-0.1795-0.0583-0.10090.34010.23210.03440.29350.0442-0.02420.3199-0.01460.236318.233527.9328-11.7515
24.03642.0437-1.60232.6216-1.13693.9133-0.04330.07990.03260.11420.09030.24390.2776-0.713-0.06470.35180.0226-0.01190.3417-0.00730.2432-6.725737.5324-9.1764
36.2311.63630.31816.203-2.32847.76760.0281-0.2477-0.34890.25820.18210.18070.4166-0.4753-0.1240.29180.08090.00470.19-0.0160.21364.652630.1899-9.7233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 661 through 878 )A661 - 878
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 879 through 1012 )A879 - 1012
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1013 through 1058 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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