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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vs2 | ||||||
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タイトル | protein D | ||||||
要素 | Multidrug transporter MdfA | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / membrane protein (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / regulation of cellular pH / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, M. / Lu, M.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020 タイトル: Structure and mechanism of a redesigned multidrug transporter from the Major Facilitator Superfamily. 著者: Wu, H.H. / Symersky, J. / Lu, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vs2.cif.gz | 87 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vs2.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vs2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vs2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vs2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41923.020 Da / 分子数: 1 / 変異: E26T/D34M/A150E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mdfA, cmlA, cmr, b0842, JW0826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-LDA / |
#3: 化合物 | ChemComp-PR / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, salts, etc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→100 Å / Num. obs: 12518 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 37 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / Num. unique obs: 300 / CC1/2: 0.4 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 357.8 Å2 / Biso mean: 169.4549 Å2 / Biso min: 62.21 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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