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- PDB-6vja: Structure of CD20 in complex with rituximab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vja
タイトルStructure of CD20 in complex with rituximab Fab
要素
  • B-lymphocyte antigen CD20
  • Rituximab Fab heavy chain
  • Rituximab Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MS4A1 / CD20 / human (ヒト) / Rituximab / therapeutic (治療) / antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium ion import into cytosol / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / 液性免疫 / B cell differentiation ...store-operated calcium entry / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium ion import into cytosol / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / 液性免疫 / B cell differentiation / protein tetramerization / response to bacterium / B cell receptor signaling pathway / MHC class II protein complex binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CD20-like family / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / B-lymphocyte antigen CD20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rohou, A. / Croll, T.I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of CD20 in complex with the therapeutic monoclonal antibody rituximab.
著者: Lionel Rougé / Nancy Chiang / Micah Steffek / Christine Kugel / Tristan I Croll / Christine Tam / Alberto Estevez / Christopher P Arthur / Christopher M Koth / Claudio Ciferri / Edward Kraft ...著者: Lionel Rougé / Nancy Chiang / Micah Steffek / Christine Kugel / Tristan I Croll / Christine Tam / Alberto Estevez / Christopher P Arthur / Christopher M Koth / Claudio Ciferri / Edward Kraft / Jian Payandeh / Gerald Nakamura / James T Koerber / Alexis Rohou /
要旨: Cluster of differentiation 20 (CD20) is a B cell membrane protein that is targeted by monoclonal antibodies for the treatment of malignancies and autoimmune disorders but whose structure and function ...Cluster of differentiation 20 (CD20) is a B cell membrane protein that is targeted by monoclonal antibodies for the treatment of malignancies and autoimmune disorders but whose structure and function are unknown. Rituximab (RTX) has been in clinical use for two decades, but how it activates complement to kill B cells remains poorly understood. We obtained a structure of CD20 in complex with RTX, revealing CD20 as a compact double-barrel dimer bound by two RTX antigen-binding fragments (Fabs), each of which engages a composite epitope and an extensive homotypic Fab:Fab interface. Our data suggest that RTX cross-links CD20 into circular assemblies and lead to a structural model for complement recruitment. Our results further highlight the potential relevance of homotypic Fab:Fab interactions in targeting oligomeric cell-surface markers.
履歴
登録2020年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21212
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: B-lymphocyte antigen CD20
D: B-lymphocyte antigen CD20
H: Rituximab Fab heavy chain
I: Rituximab Fab heavy chain
L: Rituximab Fab light chain
M: Rituximab Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,18612
ポリマ－156,2666
非ポリマー2,9206
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 B-lymphocyte antigen CD20 / B-lymphocyte surface antigen B1 / Bp35 / Leukocyte surface antigen Leu-16 / Membrane-spanning 4- ...B-lymphocyte surface antigen B1 / Bp35 / Leukocyte surface antigen Leu-16 / Membrane-spanning 4-domains subfamily A member 1


分子量: 31320.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MS4A1, CD20 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P11836
#2: 抗体 Rituximab Fab heavy chain


分子量: 23733.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 34B8
#3: 抗体 Rituximab Fab light chain


分子量: 23078.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 34B8
#4: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CD20 in complex with rituximab Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.135 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2150 mMNaCl塩化ナトリウム1
30.01 %GDN1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 5s blot time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 165000 X / 倍率（補正後）: 58906 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 24743
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3643: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリFitting-ID
1cisTEM粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cisTEMCTF補正
7Cootモデルフィッティング1
9cisTEM初期オイラー角割当
10cisTEM最終オイラー角割当
11cisTEM分類
12cisTEM３次元再構成
26PHENIXモデル精密化1
45UCSF Chimeraモデルフィッティング2
46Cootモデルフィッティング2
47PHENIXモデル精密化2
48ISOLDEモデルフィッティング2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4114800
詳細: 15,630 movies were selected because of the quality of their CTF fits. 4,114,800 coordinates were selected, leading to 466,632 particles which clustered into high-quality 2D class averages
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149322 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: No data beyond 1/5 A-1 were used in refinement / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間詳細
1AB INITIO MODELREALAtomic model for CD20 was built ab initio and manually in COOT. It was then re-built using ISOLDE, and finally refined in Phenix.
2FLEXIBLE FITREALThe X-ray crystallographic atomic model for Rituximab Fab was rigid-body fit into the map, modified using Cootand ISOLDE, and refined with Phenix
原子モデル構築PDB-ID: 2OSL

2osl

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0139582
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.21513058
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.013418
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0641490
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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