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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v8y | ||||||
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タイトル | Structure of a Sodium Potassium ion Channel | ||||||
要素 | Potassium channel proteinカリウムチャネル | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) | ||||||
機能・相同性 | Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / イオンチャネル / potassium channel activity / 生体膜 / : / 運搬体タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (セレウス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Roy, R. / Weiss, K.L. / Coates, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2021 タイトル: Structural plasticity of the selectivity filter in a nonselective ion channel. 著者: Roy, R.N. / Hendriks, K. / Kopec, W. / Abdolvand, S. / Weiss, K.L. / de Groot, B.L. / Lange, A. / Sun, H. / Coates, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v8y.cif.gz | 91.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v8y.ent.gz | 70.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v8y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2ahyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10706.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (セレウス菌) 遺伝子: A9485_19160, B4155_3291, BACERE00184_02078, CN419_22740, CN950_06075, CN980_22870, COI98_17615, COK18_26145, CON37_12595 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164U772 #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: See paper for details |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→38.34 Å / Num. obs: 49908 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.04 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å / Num. unique obs: 2568 / CC1/2: 0.678 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AHY 解像度: 1.53→38.322 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.37
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→38.322 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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