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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u9p | |||||||||
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タイトル | Wild-type MthK pore in ~150 mM K+ | |||||||||
要素 | Calcium-gated potassium channel MthK | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Potassium ion channel MthK | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Posson, D.J. / Nimigean, C.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Selectivity filter ion binding affinity determines inactivation in a potassium channel. 著者: Boiteux, C. / Posson, D.J. / Allen, T.W. / Nimigean, C.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u9p.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u9p.ent.gz | 34.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/6u9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/6u9p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8979.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-99 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: mthK, MTH_1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-HEZ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1:1 protein (in 100 mM potassium chloride, 10 mM MOPS-KOH, pH 8.0) + 3.5-4.0 M 1,6-hexanediol, 100 mM MES-KOH, pH 6.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→44.05 Å / Num. obs: 11414 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 22.13 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1037 / Rpim(I) all: 0.02178 / Rrim(I) all: 0.1061 / Net I/σ(I): 19.15 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 1096 / CC1/2: 0.653 / Rpim(I) all: 0.4666 / Rrim(I) all: 1.735 / % possible all: 98.92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3LDC 解像度: 1.65→44.05 Å / SU ML: 0.1697 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8366
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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