PDB-6se2: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6se2

タイトル

Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure with zinc ions

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) /

Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ) / apo structure /

zinc ions (亜鉛)

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process /

生体膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure with zinc ions
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6se2.cif.gz	260.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6se2.ent.gz	174.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6se2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6se2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6se2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yhlS 6sdn 6sdo 6sdp 6sdq S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sfa-1 5qpw-1 5qq7-1 6sf9-1 6r0b-1 5qpe-1 5qph-1 5qpt-1 6sdo-1 6sdn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, mass spectrometry
82.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.935, 57.935, 397.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-729- HOH
2	1	A-768- HOH

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→397.468 Å / Num. obs: 71946 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.92 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 32.83
反射シェル	解像度: 1.45→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.42 / Num. unique obs: 11290 / CC_1/2: 0.961 / R_sym value: 0.475 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yhl

1yhl

解像度: 1.45→49.78 Å / SU ML: 0.1133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.4729
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	3598	5 %
R_work	0.1699	68345	-
obs	0.1708	71943	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→49.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2791	0	7	279	3077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	2907
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9133	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0698	449
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	511
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.1236	1022

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.256	131	0.2102	2477	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.47-1.49	0.2126	137	0.1866	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2039	133	0.179	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.1844	137	0.1719	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.2095	134	0.1774	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.164	135	0.1716	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2069	137	0.176	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.2175	135	0.1699	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.2333	136	0.1668	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.1791	137	0.1718	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.192	135	0.168	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.78	0.1836	136	0.1666	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.78-1.83	0.1785	137	0.1628	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.88	0.1828	136	0.1674	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.2046	139	0.1659	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.99	0.1647	136	0.169	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.07	0.212	138	0.1642	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.15	0.1939	139	0.1563	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.25	0.1813	138	0.1559	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.36	0.1563	138	0.1436	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.51	0.1451	142	0.1516	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.71	0.1697	139	0.1596	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.98	0.1864	142	0.1733	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.41	0.2021	145	0.1761	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-4.3	0.1875	146	0.1635	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-49.78	0.1919	160	0.1947	3040	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.50766600516	-0.156227259763	0.345224306556	0.483681707937	0.090936046416	0.626550222394	-0.0582198564706	0.0404336803402	0.191021694746	-0.0151227873468	-0.0110185723615	-0.0556078515124	-0.0566557149925	0.0623469112354	-0.000593576703615	0.103341182105	0.0141537634462	0.0136324816691	0.118324026984	0.0246544250621	0.146578275661	-3.70227483831	-14.7720887299	-33.092269474
2	0.340142878253	-0.0475407446219	0.1070027356	0.383079639601	-0.0256938982751	0.417688520119	-0.00558622868234	-0.171233475783	-0.0243984282522	0.0463562549358	-0.00995951549771	0.0342756670775	0.0360350504887	-0.0228599430666	6.10142832353E-5	0.142822974462	0.0280675939668	0.00628059412337	0.205363067738	0.00180095748524	0.135577498901	-11.7145724251	-26.3686537294	-18.3876171946
3	1.11047737271	0.469269996712	-0.679174359394	0.0242005131957	0.116629841456	0.846411085675	0.0209808296637	-0.16262222596	0.408310745975	-0.00675599506411	0.0474425428224	0.0682136570411	-0.234689080762	0.0155230260046	0.000153993583109	0.291929697589	0.000702176120813	-0.00947754653154	0.349410207358	-0.0369817896063	0.2963321405	-13.7012179422	-14.4656519158	-6.76138419316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 231 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 232 through 360 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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