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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rla | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the dynein-2 complex; motor domains | |||||||||||||||||||||||||||
要素 | O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant,DYNC2H1 variant protein | |||||||||||||||||||||||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / dynein (ダイニン) / cilia (繊毛) / intraflagellar transport / complex | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organelle organization / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA modification / cell projection organization / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement ...organelle organization / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA modification / cell projection organization / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / 繊毛 / メチル化 / 微小管 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Toropova, K. / Zalyte, R. / Mukhopadhyay, A.G. / Mladenov, M. / Carter, A.P. / Roberts, A.J. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 8件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structure of the dynein-2 complex and its assembly with intraflagellar transport trains. 著者: Katerina Toropova / Ruta Zalyte / Aakash G Mukhopadhyay / Miroslav Mladenov / Andrew P Carter / Anthony J Roberts / 要旨: Dynein-2 assembles with polymeric intraflagellar transport (IFT) trains to form a transport machinery that is crucial for cilia biogenesis and signaling. Here we recombinantly expressed the ~1.4-MDa ...Dynein-2 assembles with polymeric intraflagellar transport (IFT) trains to form a transport machinery that is crucial for cilia biogenesis and signaling. Here we recombinantly expressed the ~1.4-MDa human dynein-2 complex and solved its cryo-EM structure to near-atomic resolution. The two identical copies of the dynein-2 heavy chain are contorted into different conformations by a WDR60-WDR34 heterodimer and a block of two RB and six LC8 light chains. One heavy chain is steered into a zig-zag conformation, which matches the periodicity of the anterograde IFT-B train. Contacts between adjacent dyneins along the train indicate a cooperative mode of assembly. Removal of the WDR60-WDR34-light chain subcomplex renders dynein-2 monomeric and relieves autoinhibition of its motility. Our results converge on a model in which an unusual stoichiometry of non-motor subunits controls dynein-2 assembly, asymmetry, and activity, giving mechanistic insight into the interaction of dynein-2 with IFT trains and the origin of diverse functions in the dynein family. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rla.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rla.ent.gz | 789 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rla | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 515223.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: E5BBQ0, UniProt: B0I1S0 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dynein-2 complex; motor domains / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 49.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 詳細: Average electron dose per image (e-/A2) for additional datasets was 46.8 and 45.4 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57265 / 対称性のタイプ: POINT |