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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qt8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rea1-MIDAS domain from Chaetomium thermophilum | ||||||
要素 | MidasinMDN1 | ||||||
キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / integrin (インテグリン) / midas (ミダース) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Ahmed, Y.L. / Thoms, M. / Hurt, E. / Sinning, I. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Crystal structures of Rea1-MIDAS bound to its ribosome assembly factor ligands resembling integrin-ligand-type complexes. 著者: Ahmed, Y.L. / Thoms, M. / Mitterer, V. / Sinning, I. / Hurt, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qt8.cif.gz | 134.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qt8.ent.gz | 105 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qt8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qt8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38069.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0069750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHE6 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.48 M (NH4)2SO4, 5 mM MgCl2 and 10 mM NaI |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97264 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97264 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→44.54 Å / Num. obs: 47603 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 57.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.09 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.41 Å / CC1/2: 0.414 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→44.54 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 23.5
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 227.15 Å2 / Biso mean: 82.4017 Å2 / Biso min: 35.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.33→44.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 65.0996 Å / Origin y: 28.8315 Å / Origin z: 23.5683 Å
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精密化 TLSグループ |
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