+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6myg | ||||||
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Title | Mouse Gamma S Crystallin L16 Octamer | ||||||
Components | Gamma-crystallin S | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Octamer Domain-swap Oxidation Disorder | ||||||
Function / homology | Function and homology information structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / morphogenesis of an epithelium Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.919 Å | ||||||
Authors | Sagar, V. / Wistow, G.J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Disulfides, domain swaps and disorder in a gamma-crystallin: A model for mechanisms of aggregation in globular proteins. Authors: Sagar, V. / Wistow, G.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6myg.cif.gz | 283.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6myg.ent.gz | 242.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6myg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20863.498 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Crygs / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O35486 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.15 M Sodium acetate pH 5.0, 22% PEG MME 550, 8% PEG 300 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 16343 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 10 % / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 25 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Num. unique all: 800 / Rsym value: 0.55 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.919→48.001 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / Phase error: 31.72
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.919→48.001 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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