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- PDB-6mfm: Structure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter bau... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mfm
タイトルStructure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with adenosine diphosphate (ADP) and thiamine diphosphate (TPP), orthorhombic crystal form
要素Thiamine-monophosphate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine-phosphate kinase / thiamine-phosphate kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine-monophosphate kinase / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Thiamine-monophosphate kinase / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / チアミンピロリン酸 / Thiamine-monophosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of thiamine monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with substrates and products.
著者: Sullivan, A.H. / Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年9月26日ID: 5D9U
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine-monophosphate kinase
B: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,71118
ポリマ－68,7202
非ポリマー1,99116
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9970 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.150, 93.920, 73.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-617-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thiamine-monophosphate kinase / Thiamine-phosphate kinase


分子量: 34359.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: thiL, ABUW_0092, CBI29_03781 / プラスミド: AcbaC.17905.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D5YC82, thiamine-phosphate kinase

-
非ポリマー , 5種, 468分子

#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytics MCSG1 scrren, B1: 20% PEG 4000, 600mM NaCl, 100mM MES/NaOH: AnphA.17905.a.B1.PW37686 at 30mg/ml, 5mM each MgCl2, ADO and TPP: cryo: 20% EG, 5mM MgCl2/ADP/TPP: tray 264489b1, puck ute6-14

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.34 Å / Num. obs: 48167 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.284 % / Biso Wilson estimate: 29.655 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 25.46
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.953.2150.5242.6634210.7840.62697.5
1.95-23.3140.4583.0133790.850.54498.3
2-2.063.3980.3514.0933290.8960.41699.5
2.06-2.123.6230.2585.7132450.9420.30399.9
2.12-2.194.3280.2217.7131690.960.253100
2.19-2.274.6770.17110.2830430.9770.193100
2.27-2.364.850.15411.529590.9830.17399.9
2.36-2.455.0680.12713.7128350.9890.14299.9
2.45-2.565.3250.10916.1827400.9910.12199.9
2.56-2.695.7370.08919.7226140.9950.099100
2.69-2.836.4250.07723.6125070.9970.083100
2.83-37.280.0630.5623770.9980.065100
3-3.217.2940.04439.0922230.9990.047100
3.21-3.477.2880.03251.26207510.034100
3.47-3.87.260.02566.8193810.027100
3.8-4.257.2380.02274.45174610.024100
4.25-4.917.1520.01885.47156310.01999.9
4.91-6.017.080.02172.92132610.023100
6.01-8.56.8550.0271.37106510.02299.9
8.5-41.345.9760.01597.3461310.01798.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.14rc1_3161)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5cc8

5cc8


解像度: 1.9→41.34 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.84
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 2050 4.26 %0
Rwork0.1641 ---
obs0.1662 48155 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.67 Å2 / Biso mean: 28.4197 Å2 / Biso min: 9.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→41.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4573 0 118 454 5145
Biso mean--22.17 33.84 -
残基数----608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074865
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8746667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3132911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006912
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94420.30321180.22672952307097
1.9442-1.99280.28831270.22473028315598
1.9928-2.04670.2581320.20072994312699
2.0467-2.10690.23411410.190630533194100
2.1069-2.17490.25991270.184530503177100
2.1749-2.25270.21631430.177330323175100
2.2527-2.34280.2321710.172730253196100
2.3428-2.44950.21961490.168130423191100
2.4495-2.57860.22671360.170630733209100
2.5786-2.74010.19831350.166730813216100
2.7401-2.95160.20211310.161830993230100
2.9516-3.24850.21671490.163230813230100
3.2485-3.71840.19551300.145131233253100
3.7184-4.68370.18121380.134431523290100
4.6837-41.35010.19381230.159133203443100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.59220.4411-2.91141.0971-1.25423.5290.16920.11060.2148-0.2303-0.14850.0867-0.47640.106-0.03940.37070.0484-0.0410.22860.01810.276418.257728.13449.6473
21.60830.6429-0.92752.20420.49091.9990.02120.00460.0909-0.0492-0.0021-0.1219-0.13660.1139-0.00080.0958-0.0057-0.03380.110.01080.156526.213513.822310.0896
32.86744.03461.18126.47790.71495.4608-0.19370.14770.0591-0.66810.242-0.1373-0.35340.0124-0.05650.1903-0.00660.01250.14190.04670.205527.467220.30071.3315
40.99040.121-0.19142.02850.55580.7585-0.04240.11030.02410.0914-0.01760.05110.0418-0.04360.05850.0875-0.0078-0.02610.13020.0060.119421.81963.33329.6468
54.82570.7597-3.28793.4182-0.81154.9656-0.32970.174-0.3957-0.08910.2967-0.49090.50540.19860.10910.1757-0.01230.01670.1446-0.08250.245326.7653-13.79224.7233
60.12010.3156-0.37443.8732-0.08262.2681-0.20040.3732-0.2903-0.11990.0521-0.11420.2484-0.13830.05590.1471-0.03260.02910.146-0.06440.170320.8388-8.28856.2021
75.2459-0.10970.72392.7730.0564.6283-0.05870.2322-0.33760.3642-0.07270.14660.2816-0.17670.11760.1883-0.04190.03680.1179-0.0560.20617.3805-12.33239.0742
80.5151.58491.09365.05313.25372.14490.25610.0147-0.25971.06660.0823-1.10010.25160.0133-0.3390.41550.0226-0.1610.3057-0.03070.377131.7378-11.937514.7508
91.84310.96791.64092.0945-0.72713.5276-0.1069-0.3761-0.23180.6227-0.110.19810.3139-0.02680.1650.3126-0.00230.01730.229-0.01350.18817.5898.171926.9524
101.0478-0.2974-0.29852.31760.92371.44490.0095-0.1496-0.00110.27730.0445-0.16320.06670.1312-0.00710.19260.0132-0.0650.1582-0.01430.142125.879122.389126.9054
114.2578-0.81480.05512.2420.26061.2341-0.149-0.512-0.15060.93840.2674-0.23420.1360.2101-0.03820.43120.0525-0.07430.24490.01370.202126.671615.617835.9039
120.54820.2764-0.17812.13561.03481.1644-0.0173-0.13730.0160.05310.0290.0905-0.14980.06320.00740.16920.0048-0.04630.1556-0.02210.124521.795930.287725.3764
130.41640.39330.39572.38360.88411.6741-0.1115-0.4254-0.27480.59270.1977-0.03070.1650.0827-0.11490.30570.0164-0.07270.2314-0.04620.060625.087932.305936.0434
143.3554-0.07440.53832.75910.92621.81130.0086-0.1860.2863-0.14860.022-0.0671-0.39120.14230.0030.3464-0.0287-0.00290.1762-0.04610.141122.983745.053128.5256
154.38250.335-0.03272.74740.68462.40990.0435-0.06350.2712-0.1448-0.13220.2801-0.46280.02380.09260.40250.0137-0.03060.1657-0.05770.203818.614148.522828.0051
160.2579-0.9618-0.62194.45333.03372.0532-0.03140.14320.0666-1.17440.3368-0.6385-0.09340.2372-0.26520.8172-0.12860.24970.3993-0.06210.491532.894348.905723.3692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 35 )A2 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 92 )A36 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 110 )A93 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 111 through 214 )A111 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 215 through 235 )A215 - 235
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 236 through 266 )A236 - 266
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 267 through 288 )A267 - 288
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 289 through 305 )A289 - 305
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 35 )B1 - 35
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 36 through 92 )B36 - 92
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 93 through 110 )B93 - 110
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 111 through 167 )B111 - 167
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 168 through 189 )B168 - 189
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 190 through 266 )B190 - 266
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 267 through 288 )B267 - 288
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 289 through 304 )B289 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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