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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6km0 | ||||||
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タイトル | Human Carbonic Anhydrase II V143I variant 07 atm CO2 | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / carbonic anhydrase II (炭酸脱水酵素) / intermediate states / water network / point mutation (点突然変異) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.93 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, C.U. / Kim, J.K. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2020 タイトル: Structural insights into the effect of active-site mutation on the catalytic mechanism of carbonic anhydrase. 著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Andring, J.T. / Adhikari, A. / McKenna, R. / Kim, C.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6km0.cif.gz | 229 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6km0.ent.gz | 177.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6km0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6km0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6km0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29303.090 Da / 分子数: 1 / 変異: V143I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 359分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-BCT / |
#5: 化合物 | ChemComp-CO2 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 100 mM Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.93→50 Å / Num. obs: 152384 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 20.44 |
反射 シェル | 解像度: 0.93→0.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 6283 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3U7C 解像度: 0.93→29.166 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 0.406 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.016 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.93→29.166 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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