PDB-6kkr: human KCC1 structure determined in KCl and detergent GDN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kkr

タイトル

human KCC1 structure determined in KCl and detergent GDN

要素

Solute carrier family 12 member 4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ion co-transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

ammonium import across plasma membrane / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Liu, S. / Chang, S. / Ye, S. / Bai, X. / Guo, J.

資金援助

中国, 5件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (China)	2018YFA0508100	中国
Ministry of Science and Technology (China)	2016YFA0500404	中国
National Natural Science Foundation of China	31870724	中国
National Natural Science Foundation of China	31525001	中国
National Natural Science Foundation of China	31430019	中国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structures of the human cation-chloride cotransporter KCC1.
著者: Si Liu / Shenghai Chang / Binming Han / Lingyi Xu / Mingfeng Zhang / Cheng Zhao / Wei Yang / Feng Wang / Jingyuan Li / Eric Delpire / Sheng Ye / Xiao-Chen Bai / Jiangtao Guo /

要旨: Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the coupled, electroneutral symport of cations with chloride across the plasma membrane and are vital for cell volume regulation, salt reabsorption in ...

履歴

登録	2019年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.0	2020年8月12日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-0701 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kkr.cif.gz	212.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kkr.ent.gz	164.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kkr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/6kkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/6kkr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	0701MC 0702C 0703C 6kktC 6kkuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kkt-d 6kku-d 5mx8-1 3kvv-d 3u40-d 2i4t-1 2ux8-1 3fwp-d 4tti-d 1k9s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Solute carrier family 12 member 4

B: Solute carrier family 12 member 4

ヘテロ分子

248 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Solute carrier family 12 member 4 / Electroneutral potassium-chloride cotransporter 1 / Erythroid K-Cl cotransporter 1 / hKCC1 分子量: 122054.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC12A4, KCC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UP95

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-DU0 / 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol 分子量: 516.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃₂H₅₂O₅

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: potassium chloride co-transporter 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影	電子線照射量: 64 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60538 / 対称性のタイプ: POINT
精密化	最高解像度: 2.9 Å

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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