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万見
- PDB-6i1y: Vibrio vulnificus EpsD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i1y
タイトルVibrio vulnificus EpsD
要素General secretion pathway protein GspD
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General secretion pathway protein GspD
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Contreras-Martel, C. / Farias Estrozi, L.
資金援助 フランス, カナダ, 3件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-02 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-49-01 フランス
Natural Sciences and Engineering Research Council (Canada) カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019
タイトル: Structure and assembly of pilotin-dependent and -independent secretins of the type II secretion system.
著者: S Peter Howard / Leandro F Estrozi / Quentin Bertrand / Carlos Contreras-Martel / Timothy Strozen / Viviana Job / Alexandre Martins / Daphna Fenel / Guy Schoehn / Andréa Dessen /
要旨: The type II secretion system (T2SS) is a cell envelope-spanning macromolecular complex that is prevalent in Gram-negative bacterial species. It serves as the predominant virulence mechanism of many ...The type II secretion system (T2SS) is a cell envelope-spanning macromolecular complex that is prevalent in Gram-negative bacterial species. It serves as the predominant virulence mechanism of many bacteria including those of the emerging human pathogens Vibrio vulnificus and Aeromonas hydrophila. The system is composed of a core set of highly conserved proteins that assemble an inner membrane platform, a periplasmic pseudopilus and an outer membrane complex termed the secretin. Localization and assembly of secretins in the outer membrane requires recognition of secretin monomers by two different partner systems: an inner membrane accessory complex or a highly sequence-diverse outer membrane lipoprotein, termed the pilotin. In this study, we addressed the question of differential secretin assembly mechanisms by using cryo-electron microscopy to determine the structures of the secretins from A. hydrophila (pilotin-independent ExeD) and V. vulnificus (pilotin-dependent EpsD). These structures, at approximately 3.5 Å resolution, reveal pentadecameric stoichiometries and C-terminal regions that carry a signature motif in the case of a pilotin-dependent assembly mechanism. We solved the crystal structure of the V. vulnificus EpsS pilotin and confirmed the importance of the signature motif for pilotin-dependent secretin assembly by performing modelling with the C-terminus of EpsD. We also show that secretin assembly is essential for membrane integrity and toxin secretion in V. vulnificus and establish that EpsD requires the coordinated activity of both the accessory complex EpsAB and the pilotin EpsS for full assembly and T2SS function. In contrast, mutation of the region of the S-domain that is normally the site of pilotin interactions has little effect on assembly or function of the ExeD secretin. Since secretins are essential outer membrane channels present in a variety of secretion systems, these results provide a structural and functional basis for understanding the key assembly steps for different members of this vast pore-forming family of proteins.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / refine
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0327
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein GspD
B: General secretion pathway protein GspD
C: General secretion pathway protein GspD
D: General secretion pathway protein GspD
E: General secretion pathway protein GspD
F: General secretion pathway protein GspD
G: General secretion pathway protein GspD
H: General secretion pathway protein GspD
I: General secretion pathway protein GspD
J: General secretion pathway protein GspD
K: General secretion pathway protein GspD
L: General secretion pathway protein GspD
M: General secretion pathway protein GspD
N: General secretion pathway protein GspD
O: General secretion pathway protein GspD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)901,87415
ポリマ－901,87415
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, 2D class averages
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area188200 Å2
ΔGint-950 kcal/mol
Surface area293700 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
General secretion pathway protein GspD


分子量: 60124.922 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス)
遺伝子: JS86_21435
発現宿主: Cell-free gateway cloning vector N-term 8xHis pCellFree_G01 (その他)
参照: UniProt: A0A087IFK6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EpsD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス)
由来(組換発現)生物種: Cell-free gateway cloning vector N-term 8xHis pCellFree_G01 (その他)
プラスミド: pIVEX2.4T
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 41322 X / Cs: 2 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2021
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0232 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2LatitudeS画像取得
4GctfCTF補正determination of CTF
5RELION2.1CTF補正application of CTF
8Cootモデルフィッティング
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
14REFMACモデル精密化
画像処理詳細: Image processing performed with motioncor2, Gctf, EMAN and Relion.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 125884
対称性点対称性: C15 (15回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46126 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 146 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Coot and buccaneer for model building and refmac5 for refinement (CCPEM-1.1.0 suite).
原子モデル構築PDB-ID: 5WQ8

5wq8


Accession code: 5WQ8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.4→302.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.833 / SU B: 20 / SU ML: 0.301 / ESU R: 0.268
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.37052 --
obs0.37052 1474619 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 158.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å2-0 Å20.03 Å2
2--0.15 Å20.01 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 56520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0130.01357015
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01755890
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7581.62877175
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.2451.576129390
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg10.18557365
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg27.40723.4552865
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.7011510470
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg11.55815390
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0680.27815
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0310.0263540
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0250.0210350
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it26.25614.1829685
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other26.25714.17929684
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it38.68421.2136975
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other38.68421.21136976
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it43.05818.84927330
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other43.05918.84727328
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other67.2426.33840200
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined76.575227768
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other76.575227768
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.722 108939 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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