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万見
- PDB-6hxx: Potato virus Y -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxx
タイトルPotato virus Y
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS (ウイルス) / plant virus (植物ウイルス) / potyvirus / flexible filamentous particle / helical symmetry
機能・相同性Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / カプシド / リボ核酸 / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Potato virus Y (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Podobnik, M. / Kezar, A. / Novacek, J. / Polak, M.
資金援助 スロベニア, チェコ, 3件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ7-7248 スロベニア
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015043 チェコ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the multitasking nature of the potato virus Y coat protein.
著者: Andreja Kežar / Luka Kavčič / Martin Polák / Jiří Nováček / Ion Gutiérrez-Aguirre / Magda Tušek Žnidarič / Anna Coll / Katja Stare / Kristina Gruden / Maja Ravnikar / David ...著者: Andreja Kežar / Luka Kavčič / Martin Polák / Jiří Nováček / Ion Gutiérrez-Aguirre / Magda Tušek Žnidarič / Anna Coll / Katja Stare / Kristina Gruden / Maja Ravnikar / David Pahovnik / Ema Žagar / Franci Merzel / Gregor Anderluh / Marjetka Podobnik /
要旨: Potato virus Y (PVY) is among the most economically important plant pathogens. Using cryoelectron microscopy, we determined the near-atomic structure of PVY's flexuous virions, revealing a previously ...Potato virus Y (PVY) is among the most economically important plant pathogens. Using cryoelectron microscopy, we determined the near-atomic structure of PVY's flexuous virions, revealing a previously unknown lumenal interplay between extended carboxyl-terminal regions of the coat protein units and viral RNA. RNA-coat protein interactions are crucial for the helical configuration and stability of the virion, as revealed by the unique near-atomic structure of RNA-free virus-like particles. The structures offer the first evidence for plasticity of the coat protein's amino- and carboxyl-terminal regions. Together with mutational analysis and in planta experiments, we show their crucial role in PVY infectivity and explain the ability of the coat protein to perform multiple biological tasks. Moreover, the high modularity of PVY virus-like particles suggests their potential as a new molecular scaffold for nanobiotechnological applications.
履歴
登録2018年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0297
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Coat protein
Aa: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AB: Coat protein
Ab: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AC: Coat protein
Ac: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AD: Coat protein
Ad: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AE: Coat protein
Ae: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AF: Coat protein
Af: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AG: Coat protein
Ag: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AH: Coat protein
Ah: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AI: Coat protein
Ai: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AJ: Coat protein
Aj: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AK: Coat protein
Ak: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AL: Coat protein
Al: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AM: Coat protein
Am: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AN: Coat protein
An: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AO: Coat protein
Ao: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AP: Coat protein
Ap: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AQ: Coat protein
Aq: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AR: Coat protein
Ar: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AS: Coat protein
As: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AT: Coat protein
At: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AU: Coat protein
Au: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AV: Coat protein
Av: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AW: Coat protein
Aw: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AX: Coat protein
Ax: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AY: Coat protein
Ay: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
AZ: Coat protein
Az: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BA: Coat protein
Ba: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BB: Coat protein
Bb: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BC: Coat protein
Bc: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BD: Coat protein
Bd: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BE: Coat protein
Be: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BF: Coat protein
Bf: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BG: Coat protein
Bg: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BH: Coat protein
Bh: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
BI: Coat protein
Bi: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,099,75870
ポリマ－1,099,75870
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
Coat protein


分子量: 29935.797 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Potato virus Y (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7DJ81
#2: RNA鎖 ...
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然
詳細: Due to helical averaging during cryo-EM data processing, all nucleotides were assigned the uracil base.
由来: (天然) Potato virus Y (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Potato virus YVIRUSPotato virus Yall0NATURAL
2Coat proteinCOMPLEXApproximately 2000 copies of PVY coat protein assemble around viral ssRNA to form the virion.#11NATURAL
3Viral RNARNAウイルスCOMPLEXViral genome consists of positive-sense single stranded RNA.#21NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11
220.29900 MDaNO
13
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Potato virus Y (ウイルス)12216NTN
33Potato virus Y (ウイルス)12216NTN
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11NONOSTRAINVIRION
22
33
天然宿主生物種: Solanum tuberosum
緩衝液pH: 8
緩衝液成分濃度: 5 mM / 名称: disodium tetraborate / 式: B4Na2O7
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48.6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 726
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 16 / 利用したフレーム数/画像: 1-16

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf1.05CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティング
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
14PHENIX1.13.2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -40.95 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.95 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 215123
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162213 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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