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万見
- PDB-6h9j: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h9j
タイトルFactor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (229-255)
要素
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
  • Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / NON-HEME / DIOXYGENASE / OXYGENASE (酸素添加酵素) / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ASPARTYL HYDROXYLASE / SIGNALING / ARD / BETA-HYDROXYLATION (ヒドロキシル化) / ACTIVATOR-INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE COMPLEX / OXIDOREDUCTASE ANKYRIN / CHANNEL / PROTEIN BINDING (タンパク質) / ION CHANNEL (イオンチャネル) / TRPV CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / negative regulation of hair cycle / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / negative regulation of hair cycle / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / TRPチャネル / response to temperature stimulus / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of calcium ion import / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / transcription corepressor activity / receptor complex / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / Jelly Rolls / JmjC domain / JmjC domain profile. ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / Jelly Rolls / JmjC domain / JmjC domain profile. / Ankyrin repeat / RmlC-like jelly roll fold / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OXALYLGLYCINE / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Leissing, T.M. / Clifton, I.J. / Saward, B.G. / Lu, X. / Hopkinson, R.J. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilP/G03706X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (229-255)
著者: Leissing, T.M. / Clifton, I.J. / Saward, B.G. / Lu, X. / Hopkinson, R.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2018年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,38611
ポリマ－41,5132
非ポリマー8739
水2,864159
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,77122
ポリマ－83,0254
非ポリマー1,74618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area12490 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area29230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.400, 86.400, 149.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase


分子量: 39354.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 / TrpV3 / Vanilloid receptor-like 3 / VRL-3


分子量: 2158.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NET8

-
非ポリマー , 5種, 168分子

#3: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン / N-Oxalylglycine


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes pH = 7.5, 1.8 M ammonium sulfate, 4.5% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→38.635 Å / Num. obs: 50768 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 41.46 Å2 / CC1/2: 0.9984 / Rmerge(I) obs: 0.1054 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 20.1 % / Rmerge(I) obs: 2.854 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2483 / CC1/2: 0.497 / Rpim(I) all: 0.649 / Rrim(I) all: 2.928 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k


解像度: 1.83→38.635 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1868 2533 5 %
Rwork0.1658 --
obs0.1668 50680 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.4 Å2 / Biso mean: 55.7524 Å2 / Biso min: 31.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→38.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2866 0 49 159 3074
Biso mean--87.26 55.86 -
残基数----360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0654122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4291770
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.83-1.86520.32841250.317926642789
1.8652-1.90330.31551380.299626062744
1.9033-1.94470.29551330.305326092742
1.9447-1.98990.25911410.230826802821
1.9899-2.03970.24441520.204325952747
2.0397-2.09480.22891380.198226432781
2.0948-2.15650.17821230.181526592782
2.1565-2.2260.20071350.171126472782
2.226-2.30560.20941330.169326602793
2.3056-2.39790.22141520.161226542806
2.3979-2.5070.20791520.158425992751
2.507-2.63920.17181280.161326922820
2.6392-2.80450.17931460.169226752821
2.8045-3.02090.21491330.175426992832
3.0209-3.32480.18881570.172926892846
3.3248-3.80550.1551320.150227102842
3.8055-4.79310.14771530.126827742927
4.7931-38.64330.19861620.178428923054
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5536-0.202-0.72690.54770.06671.2226-0.22740.4878-0.7329-0.2588-0.2246-0.01210.2562-0.10170.40940.43870.00730.02480.7053-0.22110.6786-30.075910.6937-23.1681
23.7569-1.0727-1.13462.3868-0.44914.4418-0.1234-0.2929-0.2510.28170.0055-0.08040.07450.34140.1070.3135-0.0249-0.0840.4006-0.09890.4096-21.93819.3268-7.8632
35.5839-0.4425-1.33516.89891.26721.0879-0.277-0.9996-0.78951.07650.0166-0.37860.50150.67480.24310.74890.2747-0.07730.92740.15930.5827-15.66057.62183.3989
42.6944-0.7253-1.40484.5997-2.39723.81620.0757-0.48960.07250.3440.0564-0.108-0.07490.5399-0.05390.260.005-0.08480.5071-0.1160.329-14.81523.3382-10.939
53.5302-0.5691-1.33870.87430.2221.6630.02040.0861-0.25950.1102-0.0073-0.02890.09520.0359-0.0160.32580.0122-0.02460.4407-0.07290.3912-33.04520.1354-10.3587
67.3165-0.923-2.81933.88790.66215.51840.28140.12820.5993-0.2894-0.0109-0.2172-0.4870.0464-0.28440.3687-0.00640.07470.2791-0.04380.4079-36.841540.7178-7.6854
74.0587-2.14844.78814.0383-1.38146.18460.0107-0.1706-0.08480.2546-0.0460.07860.22570.2623-0.09230.5365-0.00050.10370.4965-0.01150.3784-50.519637.57754.9162
83.76881.3308-3.57592.5771-0.70423.62261.37652.18593.3884-0.91330.063-0.619-2.28530.1135-1.33770.79620.02140.25210.83240.1531.0224-36.699247.5541-7.4616
96.3342-1.7334-5.72950.9492.21556.18610.2978-1.5050.37870.3848-0.1825-0.93380.10531.4098-0.16770.4806-0.0641-0.12050.8776-0.07940.7278-20.060429.9811-3.6093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 49 )A12 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 118 )A50 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 138 )A119 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 139 through 190 )A139 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 191 through 297 )A191 - 297
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 298 through 330 )A298 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 331 through 349 )A331 - 349
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 229 through 235 )D229 - 235
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 236 through 250 )D236 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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