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- PDB-6fla: 3H5 Fab bound to EDIII of DenV 2 Xtal form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fla
タイトル3H5 Fab bound to EDIII of DenV 2 Xtal form 1
要素
  • (Domain III of Dengue virus ...) x 2
  • Heavy chain
  • Light Chain of 3H5
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Dengue virus / antibody (抗体) / macromolecular complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Flanagan, A. / Renner, M. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust204703/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust075491/Z/04 英国
引用ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2018
タイトル: Characterization of a potent and highly unusual minimally enhancing antibody directed against dengue virus.
著者: Renner, M. / Flanagan, A. / Dejnirattisai, W. / Puttikhunt, C. / Kasinrerk, W. / Supasa, P. / Wongwiwat, W. / Chawansuntati, K. / Duangchinda, T. / Cowper, A. / Midgley, C.M. / Malasit, P. / ...著者: Renner, M. / Flanagan, A. / Dejnirattisai, W. / Puttikhunt, C. / Kasinrerk, W. / Supasa, P. / Wongwiwat, W. / Chawansuntati, K. / Duangchinda, T. / Cowper, A. / Midgley, C.M. / Malasit, P. / Huiskonen, J.T. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Grimes, J.M.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heavy chain
B: Light Chain of 3H5
G: Domain III of Dengue virus 2
H: Heavy chain
I: Domain III of Dengue virus 2
L: Light Chain of 3H5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,55210
ポリマ－119,2976
非ポリマー2554
水0
1
A: Heavy chain
B: Light Chain of 3H5
G: Domain III of Dengue virus 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5684
ポリマ－59,5333
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA
2
H: Heavy chain
I: Domain III of Dengue virus 2
L: Light Chain of 3H5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9846
ポリマ－59,7643
非ポリマー2203
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.840, 263.870, 272.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
Domain III of Dengue virus ... , 2種, 2分子 GI

#3: タンパク質 Domain III of Dengue virus 2


分子量: 11063.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14340, UniProt: W5RZ25*PLUS
#4: タンパク質 Domain III of Dengue virus 2


分子量: 11295.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29991, UniProt: W5RZ25*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 Heavy chain


分子量: 24438.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light Chain of 3H5


分子量: 24030.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M di-Sodium Tartrate at a protein concentration of 4.16 mg/ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 33359 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 81.22 Å2 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9296 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 1.897 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.75 / SU Rfree Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.317
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 1689 5.06 %RANDOM
Rwork0.2032 ---
obs0.2042 33359 99.04 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2265 Å20 Å20 Å2
2--4.6548 Å20 Å2
3---0.5717 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.448 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8129 0 14 0 8143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018344HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2711350HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2784SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes188HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1201HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8344HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1121SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8794SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.99 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3302 148 5.57 %
Rwork0.3167 2508 -
all0.3175 2656 -
obs--99.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0805-0.1598-0.13111.5784-1.09672.7183-0.0117-0.07780.01520.1117-0.02070.03910.07220.14060.0325-0.11980.10580.02850.1247-0.1052-0.045531.8477-108.984-37.1755
20.0492-0.2328-0.73061.5629-1.74970.5844-0.0036-0.0042-0.0234-0.00160.0009-0.00890.0082-0.03850.00280.05420.04250.0467-0.01690.0559-0.014836.2878-135.162-38.6718
30.07540.2707-1.16073.2806-1.89342.028100.00360.01030.0535-0.0107-0.0054-0.04910.06670.01060.1175-0.01080.152-0.09080.152-0.036941.6845-137.025-46.9205
40.09990.358-0.31040.097-0.053300.00060.00230.00050.0044-0.00210.0008-0.00140.00150.00150.0041-0.00280.00790.01210.02790.000548.4796-142.945-42.9385
50.9571-0.64181.188700.16370.46950.0018-0.01670.0322-0.0531-0.02120.02060.04730.00160.01940.02610.0329-0.07840.0081-0.01740.006720.9308-113.3-61.783
601.1631-0.04052.26140.15393.3754-0.0025-0.00390.0798-0.1237-0.02990.04160.12080.03120.03240.02660.1103-0.0164-0.0577-0.0056-0.02927.8629-107.903-57.871
70.0084-1.9632-0.8391.67682.24490.89-0.00050.0066-0.08510.0058-0.0129-0.0280.0071-0.01030.01340.05730.01880.1265-0.10240.07760.010836.0604-144.886-53.3323
81.25070.436-1.36520.81730.26382.1173-0.0048-0.0291-0.12760.012-0.03340.0652-0.0037-0.11540.03820.08860.010.1416-0.14890.06190.047429.4337-146.85-55.2831
90.2251.5562-0.51381.107-0.96572.7513-0.0260.0896-0.0119-0.08480.0565-0.0311-0.0589-0.0532-0.03060.0444-0.02780.0527-0.01690.152-0.029241.2008-42.4102-33.2197
100.85671.13590.16280.7931-1.31671.0091-0.02280.01270.0098-0.07260.01440.00790.0405-0.08750.00840.04460.03250.05290.02540.152-0.037939.0363-46.0873-32.7518
110.04680.2862-0.79021.19940.31111.9983-0.0165-0.0221-0.05-0.17390.0907-0.0113-0.0134-0.0696-0.07430.057-0.04570.0350.00760.0118-0.071622.9007-68.4886-21.8833
120.15630.31840.81430.03770.38340.4809-0.0004-0.0142-0.0048-0.03110.0088-0.0102-0.0271-0.0139-0.00840.0679-0.0148-0.06360.03520.0687-0.066316.9825-66.2508-27.5875
131.5026-0.3840.34881.496-1.62441.207-0.0039-0.0361-0.04540.01450.0133-0.016-0.07810.049-0.00940.001-0.04410.0346-0.02530.12660.032546.6964-44.1047-11.3186
140.107-0.1140.38350-0.32130.09030.0009-0.0055-0.00350.00550.0043-0.00610.0010.0002-0.0052-0.011-0.0275-0.0480.01260.05040.019254.3247-40.2741-7.6368
151.23940.328-0.41481.3881-0.26910.3474-0.0059-0.0071-0.0582-0.0231-0.0404-0.06280.07330.00180.0463-0.0102-0.02090.0268-0.04350.0534-0.021236.6333-62.9187-14.0372
161.0092-0.81860.69120.99350.29440.4822-0.00940.0362-0.0895-0.0409-0.0121-0.04080.09380.0250.02150.0585-0.07740.152-0.08580.01860.053131.0806-80.8024-16.1386
170-0.0477-0.07460.13730.015700.0012-0.01050.0013-0.0068-0.0007-0.0010.00190.0019-0.00040.0052-0.00520.0089-0.0181-0.05880.006933.1417-89.5216-45.9387
1800.01490.42810.03570.3750.1460.00010.0038-0.00360.00110.00620.0027-0.0032-0.0006-0.00630.0253-0.01730.0155-0.00640.0021-0.010124.6932-73.6257-38.9867
190.79691.5662-0.13470.6785-0.15540.14970.00280.001-0.0073-0.00360.002-0.0023-0.01240.0104-0.0048-0.0088-0.01590.03220.0167-0.02740.035531.3165-80.2873-43.6469
2000.1612-0.01750.57410.73460.27780.0002-0.0013-0.004-0.01070.0010.0029-0.0090.0008-0.00120.00690.00690.0137-0.0042-0.03430.015122.9806-85.469-49.7236
210.0465-0.19910.17730.25840.02920.0808-0.00030.0052-0.0054-0.005-0.00420.0081-0.0017-0.00060.00450.00850.0108-0.0131-0.00120.00320.013919.7418-80.9873-52.8727
220.02040.02240.122600.080900.0004-0.00270.0010.0084-0.0032-0.01070.00010.00750.0029-0.0061-0.02630.012-0.0019-0.02410.015238.6932-81.5733-45.4967
230.45170.65060.71280.4940.718500.00040.0142-0.0017-0.00690.01060.011-0.0099-0.0206-0.0110.0226-0.00350.0356-0.019-0.04650.035420.5594-81.4855-45.9406
240.18190.2865-0.47810.1271-0.03770-0.00130.00790.00320.00020.00610.006-0.0013-0.0108-0.0048-0.00240.00950.0719-0.0043-0.02640.023617.6134-80.9863-41.4593
250-0.03480.11250.30450.12570.05510.0006-0.0006-0.0004-0.00060.0003-0.0006-0.0033-0.0001-0.00090.03460.00470.0314-0.01460.04450.001745.9753-23.2323-24.8699
2600.13910.12370.0684-0.36500.0001-0.0058-0.00560.00180.00350.0056-0.00420.0132-0.00360.0021-0.00160.02340.00710.03730.00158.8613-10.3001-30.6245
270.3635-1.1798-0.13060.7009-0.22360.0557-0.0012-0.00670.00340.01250.0097-0.0148-0.013-0.0051-0.00850.010.01660.0414-0.00910.05910.018450.443-15.2206-26.5205
280.07060.3582-0.15820.8228-0.33150.30820.0007-0.0022-0.00090.0048-0.0054-0.006-0.0097-0.00890.0048-0.00490.01730.0267-0.0110.04370.028452.501-21.2845-19.1756
290.0046-0.01510.000800.01480-0.0001-0.0016-0.00170.002-0.0003-0.00210.00130.00570.0004-0.01050.02030.00710.00080.01570.02366.876-29.3854-19.4748
3000.27320.090-0.151200.00160.00010.01060.01310.00620.0001-0.0113-0.0009-0.00780.0281-0.01960.0422-0.01870.01540.003251.3917-14.7752-18.5629
310.15210.2814-0.3871.4555-0.21760.236-0.00070.0051-0.0084-0.0080.0084-0.01250.00170.0057-0.00770.0026-0.00250.0103-0.00710.02550.037958.526-15.7255-24.2513
320.153-0.47680.04520.5206-0.35460.04280.00220.00080.0074-0.00420.0133-0.02630.01460.0112-0.0155-0.0018-0.03520.0521-0.00260.05910.016459.1563-22.7641-27.0037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|108 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|109 - A|137 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|138 - A|207 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|208 - A|217 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|1 - B|26 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|27 - B|110 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|111 - B|142 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|143 - B|215 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ H|2 - H|71 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ H|72 - H|119 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ H|120 - H|194 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ H|195 - H|217 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ L|1 - L|67 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ L|68 - L|77 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ L|78 - L|151 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ L|152 - L|215 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ G|300 - G|307 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ G|308 - G|316 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ G|317 - G|331 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ G|332 - G|343 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ G|344 - G|355 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ G|356 - G|365 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ G|366 - G|384 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ G|385 - G|394 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ I|300 - I|308 }
26X-RAY DIFFRACTION26{ I|309 - I|316 }
27X-RAY DIFFRACTION27{ I|317 - I|330 }
28X-RAY DIFFRACTION28{ I|331 - I|341 }
29X-RAY DIFFRACTION29{ I|342 - I|346 }
30X-RAY DIFFRACTION30{ I|347 - I|361 }
31X-RAY DIFFRACTION31{ I|362 - I|378 }
32X-RAY DIFFRACTION32{ I|379 - I|394 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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