+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fla | |||||||||
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Title | 3H5 Fab bound to EDIII of DenV 2 Xtal form 1 | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Dengue virus / antibody / macromolecular complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Dengue virus 2 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | |||||||||
Authors | Flanagan, A. / Renner, M. / Grimes, J.M. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Nat. Immunol. / Year: 2018 Title: Characterization of a potent and highly unusual minimally enhancing antibody directed against dengue virus. Authors: Renner, M. / Flanagan, A. / Dejnirattisai, W. / Puttikhunt, C. / Kasinrerk, W. / Supasa, P. / Wongwiwat, W. / Chawansuntati, K. / Duangchinda, T. / Cowper, A. / Midgley, C.M. / Malasit, P. / ...Authors: Renner, M. / Flanagan, A. / Dejnirattisai, W. / Puttikhunt, C. / Kasinrerk, W. / Supasa, P. / Wongwiwat, W. / Chawansuntati, K. / Duangchinda, T. / Cowper, A. / Midgley, C.M. / Malasit, P. / Huiskonen, J.T. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Grimes, J.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fla.cif.gz | 408.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fla.ent.gz | 350.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fla.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/6fla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/6fla | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Domain III of Dengue virus ... , 2 types, 2 molecules GI
#3: Protein | Mass: 11063.860 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Dengue virus 2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P14340, UniProt: W5RZ25*PLUS |
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#4: Protein | Mass: 11295.068 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Dengue virus 2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P29991, UniProt: W5RZ25*PLUS |
-Antibody , 2 types, 4 molecules AHBL
#1: Antibody | Mass: 24438.215 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 24030.584 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Non-polymers , 2 types, 4 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M di-Sodium Tartrate at a protein concentration of 4.16 mg/ml |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.951 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.951 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→40 Å / Num. obs: 33359 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 81.22 Å2 / Net I/σ(I): 20.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9296 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 1.897 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.75 / SU Rfree Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.317
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Displacement parameters | Biso mean: 67.62 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.448 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.9→39.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.99 Å / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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