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- PDB-6aby: Crystal structure of citrate synthase (Msed_1522) from Metallosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aby
タイトルCrystal structure of citrate synthase (Msed_1522) from Metallosphaera sedula in complex with oxaloacetate
要素Citrate synthaseクエン酸シンターゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Citrate synthase (クエン酸シンターゼ) / Metallosphaera sedula
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate synthase activity / クエン酸回路 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / クエン酸シンターゼ ...2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / クエン酸シンターゼ / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / OXALOACETATE ION / クエン酸シンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Metallosphaera sedula (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, S.-H. / Son, H.-F. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the inhibition properties of archaeon citrate synthase from Metallosphaera sedula.
著者: Lee, S.H. / Son, H.F. / Kim, K.J.
履歴
登録2018年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Citrate synthase
A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5278
ポリマ－86,4612
非ポリマー2,0656
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.134, 55.973, 76.965
Angle α, β, γ (deg.)83.730, 73.940, 72.220
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Citrate synthase / クエン酸シンターゼ


分子量: 43230.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Metallosphaera sedula (strain ATCC 51363 / DSM 5348 / JCM 9185 / NBRC 15509 / TH2) (古細菌)
株: ATCC 51363 / DSM 5348 / JCM 9185 / NBRC 15509 / TH2 / 遺伝子: Msed_1522 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A4YGX6, citrate synthase (unknown stereospecificity)
#2: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION / オキサロ酢酸


分子量: 131.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C23H38N7O17P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% polyethylene glycol (PEG) 3350 0.2M, potassium sodium tartrate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 50558 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 2.801 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 183092
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.033.40.28124480.90.1770.3331.59596.6
2.03-2.073.40.24925210.9240.1560.2951.66697
2.07-2.113.50.21824830.9340.1350.2571.77797
2.11-2.153.50.1925650.9540.1180.2241.75897.2
2.15-2.23.50.16424800.9660.1020.1941.96597.1
2.2-2.253.50.15925250.9680.0980.1871.88697.5
2.25-2.313.50.1425180.9780.0850.1642.02997.6
2.31-2.373.60.12524940.9810.0770.147297.5
2.37-2.443.60.11725370.9830.0710.1372.1597.7
2.44-2.523.60.11325560.9850.0680.1322.16498
2.52-2.613.60.10625230.9850.0640.1242.39398.1
2.61-2.713.70.09325150.9880.0560.1092.5798
2.71-2.843.70.08325570.9910.050.0972.72598.3
2.84-2.993.70.08225430.990.0490.0953.05698.4
2.99-3.173.70.07825470.9910.0460.0913.36698.7
3.17-3.423.80.06825290.9930.040.0793.60998.8
3.42-3.763.80.06125850.9940.0360.074.36899
3.76-4.313.80.05325630.9950.0320.0624.41899.2
4.31-5.433.80.0525510.9960.030.0584.50499.4
5.43-503.60.05425180.9940.0340.0645.01597.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VGP

1vgp


解像度: 2→33.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.405 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1928 2505 5 %RANDOM
Rwork0.1478 ---
obs0.1499 48053 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.21 Å2 / Biso mean: 30.323 Å2 / Biso min: 14.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-1.49 Å2-0.47 Å2
2--0.83 Å20.86 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→33.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5942 0 88 328 6358
Biso mean--67.65 39.95 -
残基数----743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.6568330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3991.5813524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2155746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69521.25328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.417151134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2821550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021322
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 206 -
Rwork0.195 3288 -
all-3494 -
obs--92.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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