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- PDB-5zwo: Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zwo
タイトルCryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 11
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...核内低分子リボ核タンパク質) x 6
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U2 snRNP component ...) x 2
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
  • Pre-mRNA leakage protein 1
  • Pre-mRNA-processing factor 31
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • Pre-mRNA一次転写産物
  • Protein HSH49
  • RDS3 complex subunit 10
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • Spliceosomal protein DIB1スプライセオソーム
  • U2 snRNA
  • U4 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / spliceosome (スプライセオソーム) / assembly / B complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing ...maintenance of RNA location / RES complex / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / box C/D methylation guide snoRNP complex / P-body assembly / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / poly(U) RNA binding / U4 snRNP / U2 snRNP / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / tRNA processing / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / mRNA export from nucleus / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / maturation of SSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA / catalytic step 2 spliceosome / small-subunit processome / P-body / spliceosomal complex / rRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / cytosolic large ribosomal subunit / nucleic acid binding / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1320 / Surp module / Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / Ist3-like, RNA recognition motif / Bud13 / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1320 / Surp module / Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / Ist3-like, RNA recognition motif / Bud13 / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / SF3A2 domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3B4, RNA recognition motif 1 / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / Zinc-finger of C2H2 type / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / ロイシンリッチリピート / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Sec63 Brl domain / Snu114, GTP-binding domain / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Ribosomal protein L30/S12 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor 6 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 ...グアノシン三リン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor 6 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Pre-mRNA-splicing factor SPP381 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 snRNP component IST3 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Pre-mRNA-processing factor 31 / U2 snRNP component HSH155 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / Small nuclear ribonucleoprotein F / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Spliceosomal protein DIB1 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / Pre-mRNA leakage protein 1 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein E / 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component / 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Protein HSH49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Bai, R. / Wan, R. / Yan, C. / Shi, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31430020 中国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structures of the fully assembled spliceosome before activation.
著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 ...The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 and 3.9 angstroms, respectively. In the pre-B complex, the duplex between the 5' splice site (5'SS) and U1 small nuclear RNA (snRNA) is recognized by Yhc1, Luc7, and the Sm ring. In the B complex, U1 small nuclear ribonucleoprotein is dissociated, the 5'-exon-5'SS sequences are translocated near U6 snRNA, and three B-specific proteins may orient the precursor messenger RNA. In both complexes, U6 snRNA is anchored to loop I of U5 snRNA, and the duplex between the branch point sequence and U2 snRNA is recognized by the SF3b complex. Structural analysis reveals the mechanism of assembly and activation for the yeast spliceosome.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6974
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
K: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
L: Pre-mRNA-processing factor 31
N: Pre-mRNA-splicing factor 6
J: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
E: Spliceosomal protein DIB1
M: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
z: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
q: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
r: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
x: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
t: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
y: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
s: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
F: U6 snRNA
B: U5 snRNA
O: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
a: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
b: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
I: U4 snRNA
D: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
P: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
Q: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
R: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
S: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
T: Small nuclear ribonucleoprotein E
U: Small nuclear ribonucleoprotein F
V: Small nuclear ribonucleoprotein G
G: Pre-mRNA
1: U2 snRNP component HSH155
2: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
3: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
4: Protein HSH49
5: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
6: RDS3 complex subunit 10
X: U2 snRNP component IST3
Y: Pre-mRNA-splicing factor CWC26
Z: Pre-mRNA leakage protein 1
H: U2 snRNA
h: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
i: Small nuclear ribonucleoprotein E
j: Small nuclear ribonucleoprotein F
k: Small nuclear ribonucleoprotein G
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
o: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
p: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
u: Pre-mRNA-splicing factor PRP9
w: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
v: Pre-mRNA-splicing factor PRP11
W: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
0: Pre-mRNA-splicing factor 38
9: Pre-mRNA-splicing factor SPP381
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,604,02562
ポリマ－2,603,47860
非ポリマー5472
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Pre-mRNA-splicing factor ... , 11種, 11分子 ANC35Yuwv09

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P33334
#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 6


分子量: 104370.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P19735
#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P36048
#31: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / RNA splicing and ER to Golgi transport factor 1 / Spliceosome-associated protein 130


分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q04693
#33: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Regulator of drug sensitivity 3


分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q06835
#36: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / Bud site selection protein 13 / Complexed with CEF1 protein 26 / Synthetic lethal with CLF1 protein 7


分子量: 30529.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P46947
#41: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP9


分子量: 63126.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P19736
#42: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP21


分子量: 33111.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32524
#43: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP11


分子量: 29962.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q07350
#45: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 38 / Pre-mRNA-processing factor 38


分子量: 27995.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q00723
#46: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPP381 / Suppressor of PRP38-1 mutation


分子量: 33830.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P38282

-
U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 KJ

#2: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-processing protein 4


分子量: 52506.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P20053
#5: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor 3


分子量: 55974.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q03338

-
タンパク質 , 11種, 13分子 LEMOaPhD246ZW

#3: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 31


分子量: 56382.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P49704
#6: タンパク質 Spliceosomal protein DIB1 / スプライセオソーム


分子量: 16798.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q06819
#7: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P39990
#18: タンパク質 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 66544.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12420
#20: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40018
#27: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32639, ヘリカーゼ
#30: タンパク質 Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1


分子量: 50339.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q02554
#32: タンパク質 Protein HSH49


分子量: 24534.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q99181
#34: タンパク質 RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3b subunit


分子量: 10045.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P0C074
#37: タンパク質 Pre-mRNA leakage protein 1


分子量: 23685.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q07930
#44: タンパク質 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 22717.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12368

-
U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 zqrxtys

#9: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量: 12403.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P47093
#10: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein D homolog SNP3


分子量: 11177.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P38203
#11: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein


分子量: 10039.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P57743
#12: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 9406.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q06406
#13: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 10432.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40089
#14: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 13027.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P53905
#15: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量: 21298.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40070

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 FBIGH

#16: RNA鎖 U6 snRNA /


分子量: 35846.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c
#17: RNA鎖 U5 snRNA /


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c
#26: RNA鎖 U4 snRNA /


分子量: 51492.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c
#28: RNA鎖 Pre-mRNA / 一次転写産物


分子量: 19067.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c
#38: RNA鎖 U2 snRNA /


分子量: 376324.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c

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Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 18分子 dSlbQmcRneTifUjgVk

#19: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P43321
#21: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q02260
#22: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q06217
#23: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12330
#24: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P54999
#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40204

-
U2 snRNP component ... , 2種, 2分子 1X

#29: タンパク質 U2 snRNP component HSH155


分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P49955
#35: タンパク質 U2 snRNP component IST3 / Increased sodium tolerance protein 3 / U2 snRNP protein SNU17


分子量: 17121.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40565

-
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 op

#39: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' / Looks exceptionally like U2A protein 1


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q08963
#40: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40567

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非ポリマー , 2種, 2分子

#47: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#48: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: yeast fully assembled spliceosomal B complex before activation
タイプ: CELL / Entity ID: #1-#46 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 342588 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.9 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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