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Yorodumi- PDB-5zdd: Crystal structure of poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zdd | ||||||
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Title | Crystal structure of poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) from Deinococcus radiodurans in complex with ADP-ribose (P212121) | ||||||
Components | Poly ADP-ribose glycohydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ADP-ribose / poly(ADP-ribose) glycohydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Conserved hypothetical protein CHP02452 / Microbial-type PARG, catalytic domain / Microbial-type PARG, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.725 Å | ||||||
Authors | Cho, C.C. / Hsu, C.H. | ||||||
Funding support | Taiwan, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Structural and biochemical evidence supporting poly ADP-ribosylation in the bacterium Deinococcus radiodurans. Authors: Cho, C.C. / Chien, C.Y. / Chiu, Y.C. / Lin, M.H. / Hsu, C.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zdd.cif.gz | 112.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zdd.ent.gz | 85.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zdd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/5zdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/5zdd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5zdaC 5zdbC 5zdcC 5zdeC 5zdfC 5zdgC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27503.059 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (radioresistant) Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: DR_B0099 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9RZM4 |
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#2: Chemical | ChemComp-AR6 / [( |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.0, 10% 2-Propanol, 10% Polyethylene glycol 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 15, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.725→27.976 Å / Num. obs: 6555 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 13.623 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.85 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 2.868 / % possible all: 90.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.725→27.976 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.725→27.976 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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