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万見
- PDB-5ui5: Crystal structure of Aquifex aeolicus sigmaN bound to promoter DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ui5
タイトルCrystal structure of Aquifex aeolicus sigmaN bound to promoter DNA
要素
  • DNA (30-MER)
  • DNA (31-MER)
  • RNA polymerase sigma factor RpoN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Helix-turn-helix DNA binding motif winged helix-turn-helix DNA binding motif bacterial RNA polymerase sigmaN bacterial RNA polymerase sigma54 / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma factor 54 ...RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma factor 54 / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor RpoN
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Darst, S.A. / Campbell, E.A. / Rajashankar, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1 R35 GM118130 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Aquifex aeolicus sigma (N) bound to promoter DNA and the structure of sigma (N)-holoenzyme.
著者: Campbell, E.A. / Kamath, S. / Rajashankar, K.R. / Wu, M. / Darst, S.A.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (31-MER)
B: DNA (30-MER)
I: RNA polymerase sigma factor RpoN
N: DNA (31-MER)
O: DNA (30-MER)
V: RNA polymerase sigma factor RpoN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8786
ポリマ－118,8786
非ポリマー00
水57632
1
A: DNA (31-MER)
B: DNA (30-MER)
I: RNA polymerase sigma factor RpoN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4393
ポリマ－59,4393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28730 Å2
手法PISA
2
N: DNA (31-MER)
O: DNA (30-MER)
V: RNA polymerase sigma factor RpoN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4393
ポリマ－59,4393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.921, 99.921, 123.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9626.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aquifex aeolicus (バクテリア)
#2: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9474.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aquifex aeolicus (バクテリア)
#3: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoN


分子量: 40338.473 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 61-398 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: rpoN, aq_599 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66858
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2 M KCl, 0.1 M Mg-acetate, 14%-18% Polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.987
シンクロトロンNSLS X3A20.987
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2007年8月15日
MAR CCD 165 mm2CCD2008年12月8日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9871
21
反射解像度: 3.4→15 Å / Num. obs: 18717 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 20.42
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.4→14.99 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 41.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 950 5.08 %
Rwork0.289 --
obs0.291 18697 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5258 2498 0 32 7788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90711446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.9154550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.57710.43361500.39372509X-RAY DIFFRACTION100
3.5771-3.79780.41511550.36452534X-RAY DIFFRACTION100
3.7978-4.08550.44311440.37712525X-RAY DIFFRACTION100
4.0855-4.48670.31971200.31742539X-RAY DIFFRACTION100
4.4867-5.11320.36721350.29932556X-RAY DIFFRACTION100
5.1132-6.35920.37521190.31732550X-RAY DIFFRACTION100
6.3592-14.99270.23971270.20822534X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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