PDB-5u0b: Structure of full-length Zika virus NS5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u0b

タイトル

Structure of full-length Zika virus NS5

要素

Genome polyprotein

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Viral RNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity /

フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity /

カプシド /

double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...
類似検索 - 分子機能

: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily /

RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...

: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily /

RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M /

RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain /

DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain /

Vaccinia Virus protein VP39 / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily /

Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain /

RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zhao, B. / Du, F.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure and function of the Zika virus full-length NS5 protein.
著者: Zhao, B. / Yi, G. / Du, F. / Chuang, Y.C. / Vaughan, R.C. / Sankaran, B. / Kao, C.C. / Li, P.

履歴

登録	2016年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u0b.cif.gz	698.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u0b.ent.gz	580.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u0cC 4k6mS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tfr-1 6i7p-2 6i7p-6 4k6m-2 4k6m-1 5m2x-1 5m2x-2 6i7p-5 5tmh-2 5m2z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (43) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

B: Genome polyprotein

ヘテロ分子

208 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Genome polyprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Genome polyprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.500, 197.000, 95.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 103148.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス) 株: Mr 766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q32ZE1, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 詳細: 1.0 M ammonium sulfate plus 1% PE G 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→85.775 Å / Num. obs: 50661 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.156 / R_pim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	R_merge(I) obs: 0.715 / R_pim(I) all: 0.475

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4k6m

4k6m

解像度: 3→85.775 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	2521	4.99 %
R_work	0.2308	-	-
obs	0.2327	50511	96.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→85.775 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14196	0	86	0	14282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.511	19740
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.272	8698
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2066
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0577	0.3877	143	0.3432	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0577-3.1201	0.3703	114	0.3334	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1201-3.188	0.3965	142	0.3238	2663	X-RAY DIFFRACTION	98
3.188-3.2621	0.3026	128	0.3096	2662	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2621-3.3437	0.3224	151	0.2921	2610	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3437-3.4341	0.3021	139	0.2862	2636	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4341-3.5352	0.3223	156	0.2877	2597	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5352-3.6493	0.3561	116	0.2606	2627	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6493-3.7797	0.2931	121	0.2521	2595	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7797-3.931	0.2971	153	0.2419	2591	X-RAY DIFFRACTION	95
3.931-4.1099	0.2282	141	0.2155	2678	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1099-4.3266	0.2215	139	0.1981	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3266-4.5977	0.2308	132	0.1759	2701	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5977-4.9526	0.23	151	0.1768	2666	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9526-5.451	0.2434	123	0.1884	2691	X-RAY DIFFRACTION	96
5.451-6.2395	0.22	150	0.1921	2727	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2395-7.8603	0.237	159	0.1948	2768	X-RAY DIFFRACTION	98
7.8603-85.8096	0.186	163	0.1742	2790	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.741	0.1791	-0.2439	0.1372	0.207	1.936	0.0112	-0.1107	-0.0108	-0.0114	-0.1003	0.1448	-0.0723	-0.1015	0.0382	0.9019	0.0001	0.2148	0.1821	-0.0024	0.385	30.5918	103.9323	37.2374
2	0.4496	-0.2653	-0.1101	0.4187	-0.4686	1.0364	0.06	0.0437	-0.0323	-0.0574	-0.0783	-0.0274	0.2088	0.0603	0.0131	0.7121	-0.0448	0.1798	0.1725	0.0058	0.3541	36.2085	106.3979	26.8414
3	1.7294	-0.0009	1.3204	0.3254	0.2937	1.2779	-0.1536	0.1724	0.2206	0.0185	-0.0438	0.1808	-0.0448	0.1872	-0.3901	0.7901	0.0328	0.2964	0.2578	0.0099	0.3081	32.8414	116.5078	-15.5074
4	1.5091	-0.1344	0.4636	0.9408	0.3742	1.2835	-0.0614	0.0859	0.0025	-0.0193	-0.1182	0.1409	0.3109	-0.0826	0.1394	0.7501	-0.04	0.2422	0.2429	-0.0237	0.301	30.4945	112.5022	-6.9181
5	0.2038	-0.4909	0.0575	2.9491	0.7595	1.897	-0.0058	0.1063	-0.0047	-0.0124	-0.1567	0.3363	0.258	-0.4514	0.1349	0.3538	-0.0304	0.175	0.4454	-0.0649	0.3868	11.2126	134.544	5.7328
6	0.7484	0.0301	1.58	0.4395	0.6874	4.4219	-0.0123	-0.0474	0.0164	-0.0282	-0.1574	0.1486	-0.2408	-0.3071	0.1459	0.3484	0.0185	0.1952	0.2352	0.0116	0.3112	30.6983	64.4922	10.4429
7	0.331	0.1751	-0.1008	0.1123	0.1769	1.7135	0.0181	0.0281	-0.0346	-0.0963	-0.0391	-0.0174	-0.261	0.1874	0.0098	0.1402	-0.0092	0.1294	0.2179	-0.0315	0.3281	37.6792	56.9473	33.6322
8	0.607	0.1925	-0.1358	0.5166	0.2024	1.0165	0.0247	-0.1146	0.0628	-0.0979	-0.0725	0.1961	-0.2179	-0.0668	-0.0169	0.1897	-0.0563	0.1529	0.1919	-0.0057	0.3071	24.1059	57.8335	53.8584
9	2.1674	-0.0757	-0.0771	2.3396	0.1659	2.4925	-0.0883	0.0848	0.0184	-0.0539	0.1001	0.0232	0.4154	-0.1038	-0.0159	0.3076	-0.0946	0.1924	0.1687	-0.0283	0.2705	12.1394	30.7205	40.806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 174 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 175 through 368 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 369 through 414 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 415 through 695 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 696 through 887 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 174 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 175 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 463 through 724 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 725 through 887 )

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